[发明专利]一种使用计算机模拟金属配合物与DNA相互作用的方法

摘要

本发明公开了一种使用计算机模拟金属配合物与DNA相互作用的方法。该方法采用Gaussian软件和Autodock对接软件在普通计算机上对金属配合物与DNA的相互作用进行模拟。首先在Gaussian软件中对金属配合物的结构进行优化，作为配体分子；然后在AutoDock软件中进行金属配合物与DNA的分子对接，最后将对接结果进行分析。本发明方法不需要借助于大型计算机服务器，在普通计算机上即可运行，设备成本很低，计算过程中所需要的CPU核数低，占用内存小，整个计算的过程所用时间很短而且模拟结果可靠，有助于在生物化学、配位化学、生物医药等领域的广泛应用。

主权项

一种使用计算机模拟金属配合物与DNA相互作用的方法，其特征在于，包括如下步骤：（1）金属配合物的结构优化：在Gaussian软件中，使用DFT方法的B3LYP泛函并采用混合基组，对绘制的金属配合物结构进行几何构型优化，获得金属配合物的准确结构，结构优化后的金属配合物作为配体分子；（2）配体构象的搜索区域的构建：在AutoDock软件中，以DNA作为受体分子，以环绕受体的活性结合位点构成格点盒子作为配体构象的搜索区域，并用不同类型的原子为探针进行扫描和计算格点能量以计算探针原子和受体之间的相互作用能；（3）分子对接：运用AutoDock软件中的AutoGrid子程序为格点式搜索方法，在配体构象的搜索区域查找活性结合位点，使受体与配体的分子对接；最后对金属配合物与DNA在AutoDock子程序中进行多次对接计算并且搜索最佳结合位置，将最终得到的对接结果进行分析。