[发明专利]一种基于新一代测序数据的Indel检测方法有效
| 申请号： | 201710377194.0 | 申请日： | 2017-05-25 |
| 公开（公告）号： | CN107229839B | 公开（公告）日： | 2020-05-22 |
| 发明（设计）人： | 袁细国;许向彦;杨利英;张军英;白俊 | 申请（专利权）人： | 西安电子科技大学 |
| 主分类号： | G16B20/30 | 分类号： | G16B20/30;G16B20/20;G16B40/00 |
| 代理公司： | 西安长和专利代理有限公司 61227 | 代理人： | 黄伟洪 |
| 地址： | 710071 陕西省*** | 国省代码： | 陕西;61 |
| 权利要求书： | 查看更多 | 说明书： | 查看更多 |
| 摘要： | 本发明属于基因工程技术领域，公开了一种基于新一代测序数据的Indel检测方法，包括：利用bwa比对软件对原始的fastq数据做比对，生成sam文件；对二维点根据设定的阈值进行层次聚类；对hang.sam文件中的每一对reads，取出未正常比对的read；将read和截取下来的参考序列做比对即可确定变异类型，变异位置，以及变异大小；利用哈希结构来存储变异；对于某个变异，根据测序的覆盖度设置阈值。本发明通过聚类确定一个变异的范围，提取Split read与变异范围内的参考序列进行比对，使得比对的过程变得简单、范围更加精确；使用层次聚类，突破提前设置聚类个数的限制，操作简单。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 基于 新一代 序数 indel 检测 方法 | ||
【主权项】：
暂无信息
下载完整专利技术内容需要扣除积分，VIP会员可以免费下载。
该专利技术资料仅供研究查看技术是否侵权等信息，商用须获得专利权人授权。该专利全部权利属于西安电子科技大学，未经西安电子科技大学许可，擅自商用是侵权行为。如果您想购买此专利、获得商业授权和技术合作，请联系【客服】
本文链接：http://www.vipzhuanli.com/patent/201710377194.0/，转载请声明来源钻瓜专利网。
