[发明专利]用于地中海贫血检测的探针、基因芯片及制备方法和应用

摘要

本申请公开了一种用于地中海贫血检测的探针、基因芯片及制备方法和应用。本申请的用于地中海贫血检测的探针的制备方法，包括根据不同地中海贫血基因、修饰基因和不同突变，构建捕获区间库；据此设计捕获探针；捕获区间库包括，alpha基因簇和beta基因簇所有珠蛋白基因及其重要调控区域全长片段、已有记录的断点突变位点、缺失突变中选取的SNP位点，和地贫修饰基因上的SNP位点。本申请的制备方法，针对地贫所有基因簇及其相关基因进行探针设计，使探针能覆盖所有地贫基因突变。结合Tn5建库和高通量测序，不仅能覆盖所有突变，而且操作简便、通量高、成本低，适于地贫大规模人群诊断与筛查，以及新的未知基因突变的研究和预测。

主权项

1.一种用于地中海贫血检测的探针的制备方法，其特征在于：包括根据不同地中海贫血基因、修饰基因和不同突变，构建捕获区间库；根据所述捕获区间库设计捕获探针，对所述捕获区间库进行高质量和高效率的捕获；所述捕获区间库包括以下区域，(a)alpha基因簇所有珠蛋白基因和重要调控区域，包括HBA1、HBA2、HBZ、HBQ1、HS‑40区域，和5’HVR、HVR、3’HVR，针对以上基因全长片段并将其向外延伸70bp作为目标捕获区域；(b)beta基因簇所有珠蛋白基因和重要调控区域，包括HBB、HBD、HBG1、HBG2、HBE1、LCR HS‑1、LCR HS‑2、LCR HS‑3、LCR HS‑4和LCR HS‑5，针对以上基因全长片段并将其向外延伸70bp作为目标捕获区域；(c)以已有记录的缺失型alpha地贫突变断点及缺失型beta地贫突变断点作为目标捕获区域；(d)以已记录的缺失型alpha突变所涉及的最大的缺失范围为目标，在其范围内，每隔1kb选取1个SNP位点，所选SNP位点在dbSNP中记录的MAF在0.3‑0.5之间，同时，所选SNP位点所在序列在基因组上无其它高度同源序列，以所选的SNP位点作为目标捕获区域；(e)以地贫修饰基因上一系列的SNP位点为目标捕获区域，其中，地贫修饰基因包括BCL11A、HBS1L、MYB、KLF1、BCL11A和MYB‑HBS1L intergenic。