[发明专利]一种用于检测CYP2C9和VKORC1基因多态性的组合物及其应用

摘要

本发明公开了一种用于检测CYP2C9和VKORC1基因多态性的组合物及其应用，通过FAM、HEX、ROX(修饰)三通道多重PCR反应对CYP2C9和VKORC1基因中的单核苷酸多态性位点进行检测。为了提高检测的简便性和特异性，通过探针分型的技术手段实现一管分型检测，使得整个操作以及反应过程简单化，并在此基础上，对探针进行锁核酸修饰和二级结构修饰，增加探针的Tm值，进一步提高探针结合的特异性的，最后通过调整引物对的配比、Taq酶的用量、镁离子的用量等，提高整个试剂盒的最低检测限、准确性和特异性，试剂盒最低检测浓度能够达到1ng/μl，准确性和特异性均能够达到100％。

主权项

一种用于检测CYP2C9和VKORC1基因多态性的组合物，其特征在于，所述组合物包括针对用于检测待检样品中分别与CYP2C9和VKORC1基因相关的特异性目的基因的引物对和探针，包括：CYP2C9*2引物：CYP2C9*2基因正向引物(CYP2C9*2‑F):SEQ ID NO.1；CYP2C9*2基因反向引物(CYP2C9*2‑R):SEQ ID NO.2；探针CYP2C9*2‑CFP：SEQ ID NO.3；探针CYP2C9*2‑TFP：SEQ ID NO.4；CYP2C9*3引物对：CYP2C9*3基因正向引物(CYP2C9*3‑F):SEQ ID NO.5；CYP2C9*3基因反向引物(CYP2C9*3‑R):SEQ ID NO.6；探针CYP2C9*3‑AF：SEQ ID NO.7；探针CYP2C9*3‑CFP：SEQ ID NO.8；VKORC1引物对：VKORC1基因正向引物(VKORC1‑F)：SEQ ID NO.9；VKORC1基因反向引物(VKORC1‑R)：SEQ ID NO.10；探针VKORC1‑GFP:SEQ ID NO.11；探针VKORC1‑AFP:SEQ ID NO.12；内标引物对：HER2‑F:SEQ ID NO.13；HER2‑R:SEQ ID NO.14；探针HER2‑FP:SEQ ID NO.15；其中对CYP2C9*2‑CFP、CYP2C9*3‑AF和VKORC1‑GFP的5’端进行FAM修饰，3’端进行BHQ1修饰；对CYP2C9*2‑TFP、CYP2C9*3‑CFP和VKORC1‑AFP的5’端进行ROX修饰，3’端进行BHQ2修饰；对HER2‑FP的5’端进行HEX修饰，3’端进行BHQ1修饰；在CYP2C9*2‑CFP序列的第14位碱基C上增加锁核酸(LNA)的修饰；在CYP2C9*2‑TFP序列的第12位碱基T上增加锁核酸(LNA)的修饰；在CYP2C9*3‑AF序列的第15位碱基A上增加锁核酸(LNA)的修饰；在CYP2C9*3‑CFP序列的第13位碱基C上增加锁核酸(LNA)的修饰；在VKORC1‑GFP序列的第15位碱基C上增加锁核酸(LNA)的修饰；在VKORC1‑AFP序列的第11位碱基T上增加锁核酸(LNA)的修饰。