[发明专利]一种基于微生物rRNA基因测序技术的菌群代谢功能预测分析方法在审
| 申请号： | 201710720330.1 | 申请日： | 2017-08-21 |
| 公开（公告）号： | CN107451425A | 公开（公告）日： | 2017-12-08 |
| 发明（设计）人： | 薛正晟;寇文伯;郭桐舟;姜丽荣 | 申请（专利权）人： | 上海派森诺生物科技股份有限公司 |
| 主分类号： | G06F19/20 | 分类号： | G06F19/20 |
| 代理公司： | 上海天翔知识产权代理有限公司31224 | 代理人： | 吕伴 |
| 地址： | 200231 上海市*** | 国省代码： | 上海;31 |
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| 摘要： | 本发明公开的一种基于微生物rRNA基因测序技术的菌群代谢功能预测分析方法，其是通过将现有的16S rRNA基因测序数据与代谢功能已知的微生物参考基因组数据库相对比，从而实现对细菌和古菌代谢功能的预测；其具体步骤如下(1)先根据已测微生物基因组的16S rRNA基因全长序列，推断它们的共同祖先的基因功能谱；(2)对Greengenes数据库中其它未测物种的基因功能谱进行推断，构建古菌和细菌域全谱系的基因功能预测谱；(3)将测序得到的菌群组成“映射”到数据库中，对菌群代谢功能进行预测。本发明通过将现有的16SrRNA基因测序数据与代谢功能已知的微生物参考基因组数据库相对比，从而实现对细菌和古菌代谢功能的预测。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 基于 微生物 rrna 基因 技术 代谢 功能 预测 分析 方法 | ||
【主权项】：
一种基于微生物rRNA基因测序技术的菌群代谢功能预测分析方法，其是通过将现有的16S rRNA基因测序数据与代谢功能已知的微生物参考基因组数据库相对比，从而实现对细菌和古菌代谢功能的预测；其特征在于，具体步骤如下：(1)先根据已测微生物基因组的16S rRNA基因全长序列，推断它们的共同祖先的基因功能谱；(2)对Greengenes数据库中其它未测物种的基因功能谱进行推断，构建古菌和细菌域全谱系的基因功能预测谱；(3)将测序得到的菌群组成“映射”到数据库中，对菌群代谢功能进行预测。
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G06 计算；推算；计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的，例如：基因型–表型关联，不均衡连接，种群遗传学，结合位置鉴定，变异发生，基因型或染色体组的注释，蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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