[发明专利]一种基于ARM处理器的玉米lncRNA筛选分类方法有效
| 申请号： | 201710848923.6 | 申请日： | 2017-09-20 |
| 公开（公告）号： | CN107577922B | 公开（公告）日： | 2020-07-03 |
| 发明（设计）人： | 张浩;刘元宁;占萌苹;李誌 | 申请（专利权）人： | 吉林大学 |
| 主分类号： | G16B30/00 | 分类号： | G16B30/00 |
| 代理公司： | 北京远大卓悦知识产权代理事务所(普通合伙) 11369 | 代理人： | 周明飞 |
| 地址： | 130000 吉*** | 国省代码： | 吉林;22 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种基于ARM处理器的玉米lncRNA筛选分类方法，包括如下步骤：步骤一、将玉米全长cDNA序列输入CPLD；步骤二、筛选长度大于200的cDNA序列，对cDNA进行开放阅读框预测并确定阈值，确定长度小于阈值的cDNA，其与已知蛋白作同源比对，对不同源部分进行保留，对已有植物lncRNA作二级结构预测，提取二级结构特征，同时对剩余序列作二级结构预测，保留满足结构特征的部分，将待筛选的cDNA序列与小RNA序列进行比对，排除小RNA前体；步骤三、收集已知功能的玉米lncRNA序列，并进行结构预测，对功能lncRNA进行结构特征提取并筛选，构建已知功能玉米lncRNA结构特征集，将步骤二筛选出的玉米lncRNA进行二级结构提取，比对结构特征集，对lncRNA功能确认分类。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 基于 arm 处理器 玉米 lncrna 筛选 分类 方法 | ||
【主权项】：
一种基于ARM处理器的玉米lncRNA筛选分类方法，其特征在于，包括如下步骤：步骤一、将玉米全长cDNA序列输入CPLD，其通过编码关联表将cDNA序列以编码的形式存储于SRAM中；步骤二、筛选长度大于200的cDNA序列，对cDNA进行开放阅读框预测并确定阈值，确定长度小于所述阈值的cDNA，其与已知蛋白作同源比对，对不同源部分进行保留，对已有植物lncRNA作二级结构预测，提取二级结构特征，同时对剩余序列作二级结构预测，保留满足结构特征的部分，将待筛选的cDNA序列与小RNA序列进行比对，排除小RNA前体；步骤三、收集已知功能的玉米lncRNA序列，并进行结构预测，对功能lncRNA进行结构特征提取并筛选，构建已知功能玉米lncRNA结构特征集，将所述步骤二筛选出的玉米lncRNA进行二级结构提取，比对所述结构特征集，对所述lncRNA功能确认分类。
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