[发明专利]通过使用靶向大规模并行测序的等位基因比率分析进行的胎儿三体性的非侵入性产前诊断

摘要

使用在具有母体DNA和胎儿DNA的混合物的母体样品中检测到的等位基因的比率，来检测胎儿是否具有与第一染色体相关的非整倍性。针对与多态性基因座相关的靶标区域富集来自样品的DNA，然后进行测序。确定第一染色体以及一个或多个参照染色体上具有胎儿特异性等位基因的靶标区域中的多态性基因座(例如单核苷酸多态性)。确定第一染色体上的基因座处的胎儿特异性等位基因与共有的等位基因之间的第一比率。确定参照染色体上的基因座处的胎儿特异性等位基因与共有的等位基因之间的第二比率。可将所述第一比率与第二比率之间的第三比率与阈值比较以确定是否存在非整倍性，以及该非整倍性是母本来源的还是父本来源的。

主权项

分析来自怀有胎儿的女性个体的生物样品以确定所述胎儿是否具有与第一染色体相关的非整倍性的系统，所述生物样品包含来自所述胎儿和所述女性个体的DNA分子的混合物，所述系统包括：接收装置，所述接收装置用于接收从对来自所述生物样品的DNA进行测序所获得的多个序列阅读结果；分析装置，所述分析装置用于分析所述多个序列阅读结果，其中分析序列阅读结果包括：通过将所述序列阅读结果与参照基因组比对来鉴定所述序列阅读结果在所述参照基因组中的位置；和确定所述序列阅读结果各自的等位基因；第一鉴定装置，所述第一鉴定装置用于鉴定第一染色体上的多个第一基因座；第二鉴定装置，所述第二鉴定装置用于鉴定一个或多个参照染色体上的多个第二基因座，其中所述怀孕的女性在所述第一基因座和第二基因座中的每个基因座处针对各个母本等位基因为纯合的，并且其中所述胎儿在所述第一基因座和第二基因座中的每个基因座处针对所述各个母本等位基因和各个父本等位基因为杂合的，所述各个父本等位基因与所述各个母本等位基因不同；第一确定装置，所述第一确定装置用于确定所述多个第一基因座处所述各个母本等位基因的第一母本量；第二确定装置，所述第二确定装置用于确定所述多个第一基因座处所述各个父本等位基因的第一父本量；第一计算装置，所述第一计算装置用于计算所述第一母本量与所述第一父本量的第一比率；第三确定装置，所述第三确定装置用于确定所述多个第二基因座处所述各个母本等位基因的第二母本量；第四确定装置，所述第四确定装置用于确定所述多个第二基因座处所述各个父本等位基因的第二父本量；第二计算装置，所述第二计算装置用于计算所述第二母本量与所述第二父本量的第二比率；第三计算装置，所述第三计算装置用于计算所述第一比率与所述第二比率的第三比率；以及比较装置，所述比较装置用于将所述第三比率与一个或多个阈值比较，以确定所述胎儿是否具有与所述第一染色体相关的非整倍性。