[发明专利]供多重PCR的引物的设计方法

摘要

本发明提供一种供多重PCR的引物的设计方法，其重复进行针对少数目标区域的多重PCR试验，并划分为序列读取数的变异系数为阈值以上的目标区域组和小于阈值的目标区域组，对于各个组，制作横轴取为了对目标区域进行PCR扩增所使用的1对引物的平均Tm值、纵轴取目标区域数的直方图，计算引物设计时的Tm值范围的下限值及上限值，并设定所得到的Tm值范围，从而设计引物，由此可抑制多个单一细胞间的每个目标区域的扩增偏差。

主权项

1.一种供多重PCR的引物的设计方法，其是供源于单一细胞的多重PCR的引物的设计方法，包括设定引物设计时的Tm值范围的Tm值范围设定工序，其中，在进行N次对n个目标区域中m个目标区域进行PCR扩增并统计每个目标区域的序列读取数的试验，并计算每个目标区域的序列读取数的变异系数的情况下，在将第i个目标区域的序列读取数的变异系数的实际值设为CV_i，将为了对第i个目标区域进行PCR扩增所使用的1对引物的平均Tm值设为Tm_i时，在所述Tm值范围设定工序中，通过下述工序来确定引物的Tm值范围：由输入装置输入序列读取数的变异系数的目标值CV₀，并存储于存储装置的工序；输入N次试验中的目标区域数m、第i个目标区域的序列读取数的变异系数的实际值CV_i及为了对第i个目标区域进行PCR扩增所使用的1对引物的平均Tm值Tm_i，并存储于存储装置的工序；运算装置利用CV_t＝H(CV₀)计算序列读取数的变异系数的阈值CV_t作为目标值CV₀的函数，并存储于存储装置的工序；运算装置将所述m个目标区域划分为由序列读取数的变异系数CV_i为CV_i≥CV_t的m₁个目标区域组成的R1组、和由序列读取数的变异系数CV_i为CV_i＜CV_t的m₂个目标区域组成的R2组，对于R1组及R2组的各个组，制作横轴取为了对目标区域进行PCR扩增所使用的1对引物的平均Tm值、纵轴取目标区域数的直方图，并存储于存储装置的工序；及，运算装置计算从R1组的直方图的左端的值、右端的值、及最频值、R2组的直方图的左端的值、及R1组的直方图和R2组的直方图的交点的Tm值中预先指定的一个值，作为Tm值范围的下限值存储于存储装置的工序；运算装置计算R2组的直方图的右端的值，作为Tm值范围的上限值存储于存储装置的工序；运算装置读取存储装置所存储的下限值及上限值，显示于显示装置的工序，其中，n为满足2≤n的整数，m为满足2≤m≤n的整数，N为满足3≤N的整数，i为满足1≤i≤m的整数，m₁及m₂为满足1≤m₁＜m、1≤m₂＜m、m₁+m₂＝m的整数。