[发明专利]从100pg以下的人类基因组DNA判别其来源的方法、识别个人的方法及分析造血干细胞的植活程度的方法

摘要

本发明提供一种通过对100pg以下的人类基因组DNA均匀地进行扩增，判别该100pg以下的人类基因组DNA的来源的方法、识别个人的方法及分析造血干细胞的植活程度的方法。

主权项

1.一种从100pg以下的人类基因组DNA判别其来源的方法，其具备：目标区域选择工序，从人类基因组DNA上的区域选择用于获取碱基序列信息的至少1个目标区域；DNA提取工序，从人源试样提取人类基因组DNA；PCR扩增工序，从在所述DNA提取工序中获得的人类基因组DNA，将100pg以下的人类基因组DNA作为模板，利用以对所述至少1个目标区域进行PCR扩增的方式设计的引物组合，对所述至少1个目标区域进行PCR扩增；DNA测序工序，解读在所述PCR扩增工序中获得的PCR扩增产物的DNA碱基序列，获取所述至少1个目标区域的碱基序列信息；及来源判别工序，根据所述碱基序列信息判别所述人类基因组DNA的来源，所述目标区域选择工序与所述DNA提取工序为任意顺序，所述从100pg以下的人类基因组DNA判别其来源的方法中，以对所述至少1个目标区域进行PCR扩增的方式设计的引物组合通过用于聚合酶链反应的引物组合的设计方法设计，该设计方法具备：a)对象区域选择工序，从所述至少1个目标区域选择对象区域；b)引物候选碱基序列制作工序，根据所述人类基因组DNA上的所述对象区域两端的各个附近区域的碱基序列，分别各制作至少1个用于对所述对象区域进行PCR扩增的引物候选的碱基序列；c)局部比对工序，针对从在所述引物候选碱基序列制作工序中制作的引物候选的碱基序列选择2个引物候选的碱基序列的所有组合，对所述组合中包含的2个碱基序列，在该比较的一部分序列包含所述2个碱基序列的3’末端这样的条件下，进行成对局部比对，从而求出局部比对评分；d)第1阶段选拔工序，根据所述局部比对评分，进行用于对所述对象区域进行PCR扩增的引物候选的碱基序列的第1阶段的选拔；e)总体比对工序，针对从在所述第1阶段选拔工序中选拔的引物候选的碱基序列选择2个引物候选的碱基序列的所有组合，对包含所述组合中包含的2个碱基序列的3’末端和预先设定的序列长度的碱基序列，进行成对总体比对，从而求出总体比对评分；f)第2阶段选拔工序，根据所述总体比对评分，进行用于对所述对象区域进行PCR扩增的引物候选的碱基序列的第2阶段的选拔；及g)引物采用工序，采用在所述第1阶段选拔工序及所述第2阶段选拔工序二者中均被选拔的引物候选的碱基序列作为用于对所述对象区域进行PCR扩增的引物的碱基序列，所述局部比对工序及所述第1阶段选拔工序这两个工序和所述总体比对工序及所述第2阶段选拔工序这两个工序为任意顺序或同时进行。