[发明专利]通过可变表位和模拟表位文库的功能性筛选来鉴定并产生个性化定制的疫苗组分

摘要

具体来说，公开了用于患者分层和选择个性化定制的基于肽的治疗和疫苗的方法，所述方法包括通过使用组合的T细胞表位和模拟表位文库来探询患者的T淋巴细胞总库以鉴定参与哺乳动物针对病原体、癌症和其他疾病的免疫应答的抗原性和免疫原性肽的测定法。

主权项

1.一种鉴定用于治疗困扰个体的疾病或病症的一套肽的方法，其中所述一套肽包含一种或多种肽，所述肽包含(i)在所述个体中表达的抗原的T细胞表位和/或(ii)所述T细胞表位的变体，所述方法包括：(a)产生组合的可变表位文库(VEL)，其中所述VEL包含多种肽，每种所述肽包含T细胞表位或其变体，其中每种所述T细胞表位或其变体的长度在8至11个氨基酸的范围内，其中在所述T细胞表位及其变体的I类MHC锚定位置处的氨基酸残基是一致的，其中所述T细胞表位和所述其变体的序列相差至少两个残基，(b)(i)将所述T细胞表位或其变体与来自于健康个体(或健康个体的群体)的外周血单核细胞(PBMC)在适合于诱导PBMC增殖的条件下温育；(ii)将所述T细胞表位或其变体与来自于被所述疾病或病症困扰的所述个体的PBMC在适合于诱导PBMC增殖的条件下温育，其中所述受困扰个体具有与所述健康个体的I类MHC单体型相似的I类MHC单体型，(iii)将步骤(b)(i)中所述T细胞表位和每个所述其变体的增殖相对于步骤(b)(ii)中所述T细胞表位和每个所述其变体的增殖进行比较，由此鉴定四个肽组：(a)组I–在所述受困扰个体和所述健康群体中诱导PBMC增殖的肽；(b)组II–诱导所述受困扰个体的PBMC增殖但不在所述健康群体中诱导PBMC增殖的肽；(c)组III–不诱导所述受困扰个体的PBMC增殖但在所述健康群体中诱导增殖的肽，其中每个所述肽组或组I、II、III和/或IV中的两者或更多者的组合鉴定了用于治疗困扰所述个体的所述疾病或病症的一套肽。