[发明专利]用于单基因疾病的基于通用单倍型的非侵入性产前测试

摘要

为了在没有父系遗传信息的情况下检测从母系遗传的胎儿突变，可以在无细胞混合物中测量每种母系单倍型的特性。可以将两种母系单倍型的特性值之间的分离值与阈值进行比较，以确定哪种单倍型被遗传。由于可能无法获得对于父系等位基因的测量，实施例可以测量胎儿是纯合的一些基因座和胎儿是杂合的一些基因座处的特性，但在用于确定母系单倍型的遗传的阈值选择中解释此类胎儿是杂合的基因座。为了确定亲代单倍型，可以进行直接单倍型分析，并且可以选择位于突变指定距离内的基因座并用于在单倍型方框中的测量。包括突变的区域的靶向测量使用可以跨越受试者重复使用的预定引物/探针。

主权项

1.一种使用从怀孕母亲获得的生物样品确定胎儿从所述怀孕母亲遗传的胎儿基因组的一部分的方法，所述怀孕母亲具有母系基因组，其在染色体区域中具有第一母系单倍型和第二母系单倍型，其中所述生物样品包含母系和胎儿DNA片段的混合物，所述方法包括：基于一种或多种其它样品中DNA的分析：确定所述第一母系单倍型在所述染色体区域的多个基因座处具有第一等位基因，所述母系基因组在所述多个基因座处是杂合的，以及确定所述第二母系单倍型在所述染色体区域的多个基因座处具有第二等位基因，所述第二等位基因不同于所述第一等位基因；选择多个基因座的集合，其中选择所述基因座的集合不使用父系等位基因的任何测量；分析来自从所述怀孕母亲获得的生物样品的多个无细胞DNA片段，其中分析DNA片段包括：鉴定所述DNA片段在参考基因组中的位置；以及确定所述DNA片段的等位基因；基于对于第一组DNA片段所鉴定的位置和确定的等位基因，将所述生物样品中的第一组DNA片段鉴定为在所述基因座的集合之一处具有所述第一等位基因之一；基于对于第二组DNA片段所鉴定的位置和确定的等位基因，将所述生物样品中的第二组DNA片段鉴定为在所述基因座的集合之一处具有所述第二等位基因之一；通过计算机系统计算所述第一组DNA片段的第一值，所述第一值限定所述第一组DNA片段的特性；通过所述计算机系统计算所述第二组DNA片段的第二值，所述第二值限定所述第二组DNA片段的特性；计算所述第一值和所述第二值之间的分离值；当所述分离值大于第一阈值时，确定所述胎儿遗传第一母系单倍型；以及当所述分离值小于第二阈值时，确定所述胎儿遗传第二母系单倍型。