[发明专利]一种基于分子对接技术的代谢物肽适体快速筛选方法

摘要

本发明公开了一种基于分子对接模拟计算技术的代谢物肽适体快速筛选方法，该方法包括(1)目标代谢物的确定；(2)获得潜在的与目标代谢物具有结合力的多肽库；(3)潜在多肽库与目标代谢物的分子对接预测等步骤。本方法速度快、目标范围广、无需大量人力物力投入、对实验人员身体无损害，解决了目前肽适体广泛应用的限制因素。本发明可以通过简化肽适体筛选的程序，在最大程度上增大库容，进而便于筛选出特异性与亲和力合适的代谢物肽适体，用于检测试剂盒、传感器等的设计，应用于营养学、生物学以及临床诊断等领域的检测。

主权项

1.一种基于分子对接模拟计算技术的代谢物肽适体快速筛选方法，其特征在于速度快、目标范围广、无需大量人力物力投入、对实验人员身体无损害，解决了目前肽适体广泛应用的限制因素，所述方法包括如下步骤：(1)确定目标代谢物；(2)获得潜在的与目标代谢物具有结合力的多肽库：①目标代谢物代谢相关蛋白一级序列的获得：在蛋白库如(Uniprot，PDB和NCBI等)中搜索目标代谢物所有相关感知、转运及代谢等蛋白，并查询保存这些蛋白的一级氨基酸序列；②目标代谢物潜在肽适体冗余库构建，以目标代谢物所有相关感知、转运及代谢等蛋白一级氨基酸序列为基础，将所有蛋白氨基酸序列连接成一个长度为x个氨基酸残基组成的长肽链，连接方式为第n条氨基酸序列的C末端与第n+1(n≥1)条氨基酸序列的N末端相连；设定短肽长度为y(5‑20)，切割方式为以前一步获得的长肽链为基础，从第1个氨基酸N末端开始到第y个氨基酸的C末端切断得到第1条短肽，从第2个氨基酸N末端开始到第y+1个氨基酸的C末端切断得到第2条短肽，以此类推，得到容量为x－y+1个长度为y的目标代谢物肽适体冗余库Library1；③重复序列去除：对目标代谢物潜在肽适体冗余库Library1进行去重，若短肽库中的短肽链从N末端到C末端的氨基酸序列完全一致将被认定为重复，重复序列仅保存其中一条，去除重复序列后得到目标代谢物潜在肽适体非冗余库Library2；(3)将目标代谢物潜在肽适体非冗余库Library2中的所有多肽与目标代谢物进行分子对接模拟计算预测，筛选出可与目标代谢物特异结合的多肽，即为目标代谢物肽适体。