[发明专利]一种凡纳滨对虾comp60701微卫星标记候选序列的筛选方法

摘要

本发明公开的是一种凡纳滨对虾comp60701微卫星标记候选序列的筛选方法，包括以下步骤：（1）筛选候选序列（2）筛选候选微卫星位点（3）设计特异性引物。本发明在没有已知的凡纳滨对虾全基因组DNA微卫星多态性位点的信息下，通过转录组混合样测序，构建转录序列，利用生物信息学分析筛选comp60701微卫星标记多态性位点；为凡纳滨对虾comp60701微卫星标记多态性筛选及检测打下基本，在此基本上可采用软件primer 3设计特异性引物，不仅可便捷的通过聚丙酰胺凝胶电泳完成凡纳滨对虾comp60701微卫星标记多态性检测、验证及基因分型，而且筛选检测费用低、操作简便快速。

主权项

1.一种凡纳滨对虾comp60701微卫星标记候选序列的筛选方法，其特征在于所述方法包括下述具体技术步骤：（1）筛选候选序列使用软件SciRoKo 3.4检索转录本，检索出含有微卫星序列的unigenes，并筛选微卫星核心序列重复次数超过6次的位点为候选序列；（2）筛选候选微卫星位点其候选comp60701的基因序列为：GTTGGGTTTCAAATATGTATTTCAGATTTGCATTTATATTTTTATTTCTCAGATTTTCAACTTTGCTGTTATTCATACTAACAATAACCTGTTACTAGCTAGAAATCCATATAAGAGGGTAGACAATGTACAAGGTTACTGCATAATGGATAGATTAAGGTATCCATTTTCTCATGGTAATACAAGAGAAAGGTAAAAGTGCCATAGAGAGAGAGAGAGAGAGATTCTCCCTCTATGAGACACAAAATATTATGGTTGCAAGCATTTAGTTGTCAAAGAATCAGTGAGGGAGAACTCAATGCAACTAATGCACAGGCAACCACATCTCATATCTCGTATTCTCCAGCGACAAGGATATCGGGTAATGAACGATTGTACCCGAGTAACACAAAGAACCAGAGTAGAAAACAGCCCTTCCATGTAAAATAATGGATGAGGATCCTACAACCCAGTGAAATCAGTTCAGAGTTTTTAAAAGGGTTTTAGCAGAGGTGACCTAGGTAATATAACTTGTTTCTAAGATTTAATGTTGTACAGAAATATGTATGTATGTTATGGTGTGTGAAAGCAGAATGGATTCTAGATTAACAGAGTTAACAATACAATTCATTATACACTAACAAATAAATATATGAATAGTTGATAAATTTGGTGGGAAATTATTTTTTACAGTGTTGAAG，其中加粗、加下划线的碱基为候选comp60701微卫星标记位点；（3）设计特异性引物软件primer 3设计微卫星comp60701位点的特异性引物，其正链引物：5’‑ CAATGTACAAGGTTACTGC ‑3’，负链引物：5’‑ ACTCGGGTACAATCGTTC ‑3’。