[发明专利]一种生物多样性自动分析方法

摘要

本发明公开了一种生物多样性自动分析方法，其具体分析步骤如下：步骤一：引物24对，包含与illumina测序芯片匹配的序列、8碱基index序列、测序引物序列、差异序列、通用扩增引物序列，通过PCR反应得到上机测序的文库，并选择对应的测序模式；步骤二：下机数据bcl2fastq软件转化成fastq格式，并加参数“‑create‑fastq‑for‑index‑reads”；步骤三：通过过滤软件BBDuk软件包，使用Phred算法截取低质量序列；步骤四：使用QIIME包中的脚本对拼接好的Tags序列进行二次过滤。本发明压缩项目周期，改进了建库方法，数据过滤的方法和软件，有效降低嵌合体和测序错误带来的分析偏差，而且，即便由于微生物多样性项目，也能从数据生产到过滤成cleantags过程统一做，不用区分每个项目，节约了处理时间。

主权项

1.一种生物多样性自动分析方法，其特征在于，其具体分析步骤如下：步骤一：引物24对，包含与illumina测序芯片匹配的序列、8碱基index序列、测序引物序列、差异序列、通用扩增引物序列，通过PCR反应得到上机测序的文库，并选择对应的测序模式；步骤二：下机数据bcl2fastq软件转化成fastq格式，并加参数“‑create‑fastq‑for‑index‑reads”；步骤三：通过过滤软件BBDuk软件包，使用Phred算法截取低质量序列；步骤四：使用QIIME包中的脚本对拼接好的Tags序列进行二次过滤，将得到的有效序列用于后续分析，使结果更加准确，并得到所有样品的fasta文件；步骤五：由于设计引物的时候加入了差异序列，因此，用cutadapt软件包对所有样品的fasta文件进行过滤，把测序引物和差异序列截掉；步骤六：综合使用usearch、vsearch等软件对Tags序列进行OTU聚类；步骤七：使用Greengene数据库对OTU进行注释，并进行后续分析。