[发明专利]一种GPU加速的DNA序列压缩方法及系统在审
| 申请号： | 201810068072.8 | 申请日： | 2018-01-24 |
| 公开（公告）号： | CN108287985A | 公开（公告）日： | 2018-07-17 |
| 发明（设计）人： | 朱泽轩;彭聪;孙怡雯 | 申请（专利权）人： | 深圳大学 |
| 主分类号： | G06F19/28 | 分类号： | G06F19/28 |
| 代理公司： | 深圳市恒申知识产权事务所(普通合伙) 44312 | 代理人： | 王利彬 |
| 地址： | 518060 广东*** | 国省代码： | 广东;44 |
| 权利要求书： | 查看更多 | 说明书： | 查看更多 |
| 摘要： | 本发明适用于基因技术领域，提供了一种GPU加速的DNA序列压缩方法，包括：中央处理器采用模板链算法对元数据进行简化，将简化后的元数据发送给图形处理器；图形处理器利用稀疏索引算法将DNA碱基序列与参考基因组进行匹配，得到匹配结果；所述图形处理器采用Burrows–Wheeler变换算法、Move‑to‑front变换算法和区间编码器对所述匹配结果、所述简化后的元数据和质量分数进行压缩，得到压缩后的DNA序列。本发明实施例将中央处理器CPU和图形处理器GPU结合异步运行，实现了在图形处理器GPU在进行DNA序列的压缩，同时利用图形处理器GPU中的计算单元可以加快DNA序列的压缩速度。 | ||
| 搜索关键词： | 图形处理器 压缩 元数据 变换算法 匹配结果 中央处理器CPU 中央处理器 基因技术 计算单元 索引算法 异步运行 质量分数 编码器 基因组 模板链 算法 稀疏 匹配 参考 | ||
【主权项】：
1.一种GPU加速的DNA序列压缩方法，其特征在于，包括：中央处理器采用模板链算法对元数据进行简化，将简化后的元数据发送给图形处理器；图形处理器利用稀疏索引算法将DNA碱基序列与参考基因组进行匹配，得到匹配结果；所述图形处理器采用Burrows–Wheeler变换算法、Move‑to‑front变换算法和区间编码器对所述匹配结果、所述简化后的元数据和质量分数进行压缩，得到压缩后的DNA序列。
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G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
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G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
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