[发明专利]一种检测样品菌种相对含量的方法

摘要

本发明属于生物技术领域，具体涉及一种检测样品菌种相对含量的方法。所述方法步骤如下：引物的设计；基因组的提取；荧光定量PCR；NGS16S测序；NGS分析；预测模型的建立。使用NGS和qPCR两种方法对样品中某种待测细菌的相对含量进行检测，并将NGS的分析结果与qPCR原始实验数据进行拟合和关联以建立一个预测模型，从而使之后qPCR对样品的测试数据可以输入至该预测模型中并直接得出样品中某种待测细菌的相对含量。本方法降低了单独使用qPCR进行细菌相对含量检测实验优化的复杂度和操作的繁琐，提高了样品检测得到最终结果的速度；具有极大市场前景和经济价值。

主权项

1.一种检测样品菌种相对含量的方法，其特征在于，所述方法步骤如下：1)引物的设计：根据待测菌的16S rRNA或其他靶基因片段设计引物；2)基因组的提取：对菌种样本预处理，并进行低温保存；将预处理后的样本进行初步的离心处理，再进行物理破碎处理，进行冻融酶解处理，接下来进行萃取处理，DNA过柱纯化，最后进行DNA质量检测；3)荧光定量PCR：设置荧光阈值、基线和PCR反应条件，测量得到样品的Ct值原始数据；4)NGS16S测序：使用通用引物扩增出样品中所有细菌的16S，建库并测序；5)NGS分析：载入测序数据文件；去除测序和PCR的错误数据；合并同类项；提取数据；对齐数据；预分簇；剔除嵌合体；与数据库对比并聚类；输出分析结果；对样品中的16S进行归类分析；6)预测模型的建立：将样品NGS的分析结果与样品的Ct值进行关联，运用相关编程和数学工具建立拟合模型，用于计算qPCR实验原始数据并得出最终待测菌相对含量的结果。