[发明专利]利用lncRNA-mRNA共表达网络预测三阴乳腺癌纺锤体组装检查点异常的方法

摘要

本发明涉及一种利用lncRNA‑mRNA共表达网络预测三阴乳腺癌纺锤体组装检查点异常的方法，包括以下步骤：实验分组、RNA提取、lncRNA芯片数据差异性表达分析、以及lncRNA靶基因分析及调控网络构建。本发明的利用lncRNA‑mRNA共表达网络预测三阴乳腺癌纺锤体组装检查点异常的方法，通过lnRNA‑mRNA共表达网络预测纺锤体组装检查点异常为发现三阴乳腺癌新的分子标志物提供了新途径，为预测三阴乳腺癌预后提供了参考依据。

主权项

1.一种利用lncRNA‑mRNA共表达网络预测三阴乳腺癌纺锤体组装检查点异常的方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤1：实验分组用吡柔比星处理人乳腺癌细胞，建立test组；以未进行吡柔比星处理的人乳腺癌细胞，建立con组；步骤2：RNA提取提取test组和con组中人乳腺癌细胞的lncRNA和mRNA；步骤3：lncRNA芯片数据差异性表达分析(1)导入每个lncRNA探针的预设值；(2)过滤掉在所有芯片的重复探针中Flag均为“‑50”的lncRNA探针；(3)将每张芯片所含重复探针的荧光强度值取中位数；(4)计算每张芯片中重复探针的变异系数值；(5)芯片间采用Invariant set标准化法进行数据均一化，在同样本重复探针中取平均值；(6)依据实验设计和分组情况对lncRNA探针进行对比，计算|FC|>2差异倍数；(7)差异基因列表：选取满足|FC|>2，P<0.05的基因为差异基因；(8)主成分和聚类分析：芯片讯号值经数据log转换及平均数中心化后，依需求筛选出适当数目的差异基因以平均连接算法进行聚类分析；步骤4：lncRNA靶基因分析及调控网络构建利用Targetscan数据库对lncRNA靶基因进行初步预测；利用DAVID数据库将mRNA靶基因进行KEGG通路富集分析，筛选出P＜0.05的基因通路。