[发明专利]一种评价生物通路样本状态的方法

摘要

本发明提供一种评价生物通路样本状态的方法，包括获取样本及其对应的通路网络和各基因的表达值，并以基因t检验的t值和皮尔森相关系数为基因的权重对各基因的表达值进行加权处理；根据各样本通路网络的拓扑结构，得到各样本同一通路中基因之间相互作用类型及其对应的强度，并利用基因之间相互作用类型的强度和加权后的各基因表达值，得到各样本中各基因之间的互作表达值；整合各样本中各基因的表达值及互作表达值并采用主成分分析法分析，且进一步将各样本得到的第一主成分均定义为通路的活性分数；构建分类器评价各样本的通路状态。实施本发明，同时考虑基因的重要性和基因间相互作用的重要性来推断通路的活性，从而实现对生物通路样本状态的评价。

主权项

1.一种评价生物通路样本状态的方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤S1、获取样本及其对应的通路网络，以及获取各样本的通路网路中所含各基因的表达值，并以基因在两种不同表现型之间的表达值的t检验的t值和基因表达值与样本表现型的皮尔森相关系数为基因的权重，对各样本的通路网络中各基因的表达值进行加权处理；步骤S2、根据各样本的通路网络的拓扑结构，得到各样本同一通路中基因之间相互作用类型及其对应的强度，并利用得到的基因之间相互作用类型所对应的强度和加权处理后的各基因的表达值，得到各样本的通路网路中各基因之间的互作表达值；步骤S3、整合各样本的通路网络中各基因的表达值以及各基因之间的互作表达值并采用主成分分析法进行分析，且进一步将各样本得到的第一主成分均定义为通路的活性分数；步骤S4、根据各样本得到的通路的活性分数，分别构成分类器来评价各样本的通路状态。