[发明专利]一种近交系遗传质量监控的SNP快速检测方法和SNP位点及其引物

摘要

本发明公开了一种近交系遗传质量监控的SNP快速检测方法，首先SNP panel设计：选取近交系小鼠品系，筛选与其它品系特异性区分位点和常规遗传质量监控位点，前者以染色体为单位，SNP panel中应包括至少5对含特异性区分位点的染色体，且每对染色体应含有2个以上特异性区分位点；后者在特异性区分位点的基础上，按照每对染色体4‑5个等间距位点原则将SNP panel的位点补足为96个；然后设计SNP位点引物；再提取样本DNA，用KASP法进行基因分型，并与NCBI上的SNP位点信息比较，完成近交系小鼠遗传质量监控。本发明还公开了一种近交系遗传质量监控的SNP位点及SNP位点引物。

主权项

1.一种近交系遗传质量监控的SNP快速检测方法，其特征在于，包括如下步骤：(1)SNP panel的设计：确定近交系小鼠品系，筛选出C57BL/6品系与其它品系的可特异性区分位点和品系常规遗传质量监控位点，所述特异性区分位点如下：C57BL/6品系位点的碱基与129S1/SvIm、BALB/C、A/J、CBA、DBA、FVB、NOD品系中对应的碱基不同，以染色体为单位，SNP panel中应包括至少5对含特异性区分位点的染色体，且每对染色体应含有2个以上特异性区分位点；所述品系常规遗传质量监控位点如下：在所述特异性区分位点的基础上，按照每对染色体上4‑5个位点原则，等间距地进行位点的补足，将C57BL/6品系的SNP panel位点补足为96个；所述SNP panel可用于C57BL品系近交系小鼠及相应突变系小鼠的遗传质量检测及品系污染情况检测以及C57BL品系小鼠与其他品系的有效鉴别；(2)设计并合成上述SNP panel位点的引物，不需设计探针；SNP panel位点上下游序列使用编程工具在小鼠基因组序列中进行拉取；其中，5’端上游引物设计：5’端上游引物共有两条，均包括引物前体和一段可识别FAM或HEX信号的序列；所述引物前体设在每个SNP panel位点的上游，长度为20‑30bp，在引物前体的末端分别为SNP panel位点的两个突变碱基；所述可识别FAM或HEX信号的序列设在所述引物前体的5’端，长度约为20bp；3’端下游引物为一条，其长度约18‑29bp；将上述3条引物同时进行PCR扩增，若体系中产生其中一个信号，则说明样品模板中含有该碱基突变类型；对96个位点使用对照品系进行引物测试，若成功分型，则表示引物测试成功，否则对测试失败的位点在染色体相应位置的上下游寻找替换位点；测试成功的96个位点及PCR引物测试条件及体系确定为最终检测方案；(3)提取待测样本DNA，样品浓度大于10ng/uL时，用KASP法对每个样本的96个SNP panel位点进行基因分型，分析数据并与NCBI上的SNP位点信息比较，完成近交系小鼠遗传质量监控与品系鉴定。