[发明专利]一种基于转录组测序获得青篱柴SSR引物的方法

摘要

本发明公开了一种基于转录组测序获得青篱柴SSR引物的方法。本发明通过对青篱柴进行转录组测序及序列分析，开发了大量的分子标记，从中筛选出了8对多态性引物，其步骤如下：（1）转录组测序；（2）SSR特性分析（3）筛选SSR位点；（4）SSR引物设计；（5）DNA提取；（6）SSR引物合成；（7）SSR引物筛选；（8）6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳筛选多态性引物。本发明通过对20个来自不同地理位置的青篱柴样品进行DNA扩增及检测，发现上述8对多态性引物，其多态性丰富，重复性好，可应用于青篱柴遗传资源评价、引种栽培、种质资源多样性评价、亲缘关系鉴定，遗传连锁图谱构建和分子标记辅助育种。

主权项

1.一种基于转录测序获得青篱柴SSR引物的方法，包括以下步骤：（1）取贵州省黔东南苗族侗族自治州的青篱柴作为样品，将同一株青篱柴根、茎、叶3种组织做转录组测序；（2）分析不同类型SSR重复单元的重复次数分布，利用MISA软件对青篱柴转录组测序后组装出的Unigene序列进行SSR位点检测和分析，筛选SSR位点，搜索设置为单核苷酸重复至少10次，二核苷酸重复至少6次，三至六核苷酸重复至少5次；（3）采用Primer 3.0引物批量设计程序对SSR位点的两端序列进行引物设计；（4）利用植物基因组DNA提取试剂盒提取采自黔南布依族苗族自治州不同地理位置的20份青篱柴样品的DNA；（5）根据引物设计原则，利用Primer Premier 5.0对（3）中已设计好的引物进行进一步筛选，最终选取50对引物序列送至公司进行合成，引物合成后进行PCR扩增；（6）采用6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳筛选多态性引物，根据电泳检测显影结果，分析其多态性。