[发明专利]一种用于肝癌检测的基因集及其panel检测设计方法

摘要

本发明公开了一种肝癌基因检测panel的制备方法，包括如下步骤：筛选肝癌信息及其相关基因，获得基因集；选择基因目标区域；设计panel探针；合成RNA单链探针，得到基因检测panel。本发明设计的基因检测panel可用于肝癌的诊断、分型、预后，具有基因覆盖度广，可移植性强，适用于新开发的检测平台。

主权项

1.一种肝癌基因检测panel的制备方法，包括如下步骤：1)、筛选肝癌信息及其相关基因，建立本地数据库：分别收集同一肝癌患者的配对样本，所述配对样本为实体瘤组织样本/血细胞或者正常组织(癌旁组织)样本配对，采用NGS测序技术分别对对配对样本进行基因检测，通过分析比较，选择突变频率≥5％的基因区域；2)、从已公开文献资源中选择已公开肝癌信息及其相关基因，所述已公开肝癌信息及其相关基因包括：公共数据库中的高频突变基因，应用标准、治疗指南、药物标签及通用数据库中的肝癌治疗相关基因，已公开文献中报道的与肝癌分子分型、治疗、预后、诱发相关的基因；3)、将上述肝癌信息及其相关基因合并，去冗余，并通过NCBI office name或HGNC approved Official Symbol系统确定标准基因名，获得肝癌检测芯片基因集；4)、选择用于探针设计的基因目标区域：对于步骤1)和步骤2)中收集的基因，如果明确具体变异位置，则根据已明确的基因位点覆盖区域来选择目标区域；对于位置较集中或密集的基因区域，则选择外显子作为目标区域；对于与肝癌高度相关的重要基因，则选择全部可变剪切类型的区域作为目标区域；5)、将步骤4)中选择的基因目标区域两端延伸，默认长度为50bp，合并全部选择区域后去冗余，最终形成探针设计的bed文件，该bed文件包含目标区域的染色体编号、目标区域的起始位置、目标区域的终止位置、自定义信息；6)、panel探针设计：根据步骤4)中选择的目标区域，从人类基因组中可设计探针数据集中寻找可以设计探针的设计区域，根据设计区域和探针设计参数生成探针；7)探针设计评估：将筛选出的与肝癌高度相关的重要位点及全部目标区域与步骤6)中选择的探针设计区域进行比对，计算探针覆盖所述重要位点的覆盖度和全部目标区域的覆盖度，计算公式为：覆盖度＝比对上的读长数mapping reads/目标测序读长数target reads，如过符合全部覆盖度≥90％、重要位点覆盖度≥99％的覆盖需求，则可进入下一步panel合成；如不合格，则需在目标区域附近选择合适探针；8)panel合成：在步骤7)中设计的探针两端添加固定的扩增序列，合成DNA单链，PCR扩增，转录成RNA探针，添加生物素标记，得到肝癌基因检测panel。