[发明专利]一种使用duplex方法检测ctDNA低频突变的文库构建和测序数据的分析方法在审
| 申请号： | 201810585283.9 | 申请日： | 2018-06-08 |
| 公开（公告）号： | CN108728515A | 公开（公告）日： | 2018-11-02 |
| 发明（设计）人： | 王沛;马兴勇;谭达;杨洁;李光宇;阎海;王思振;王晓月;焦宇辰 | 申请（专利权）人： | 北京泛生子基因科技有限公司 |
| 主分类号： | C12Q1/6806 | 分类号： | C12Q1/6806;C12Q1/6827;C12Q1/6869;C40B50/06;G06F19/22 |
| 代理公司： | 北京纪凯知识产权代理有限公司 11245 | 代理人： | 关畅;秦梦楠 |
| 地址： | 102206 北京市昌平区中*** | 国省代码： | 北京;11 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种使用duplex方法检测ctDNA低频突变的文库构建和测序数据的分析方法。本发明提供了一种构建用于检测ctDNA低频突变的文库的方法，依次包括如下步骤：(1)将ctDNA样本依次进行末端修复和3’端加A处理；(2)将步骤(1)处理后的ctDNA与接头混合物连接，经过PCR扩增后得到文库。本发明具有以下优点：1、使用了barcode标签，并将其简化为4bp长的序列组合，提高利用率，提高检测灵敏度，合成简单，成本低，使用方便，极大的提高了adapter的连接效率和测序数据中duplex标记分子的比例。2、使用的识别duplex的生物信息分析方法，可以快速有效去除测序、捕获和PCR过程中引入的错误，降低检测的假阳性。 | ||
| 搜索关键词： | 测序数据 突变 检测 文库构建 文库 生物信息分析 检测灵敏度 接头混合物 标记分子 连接效率 末端修复 序列组合 假阳性 测序 构建 去除 捕获 样本 标签 分析 合成 引入 | ||
【主权项】：
1.一种构建用于检测ctDNA低频突变的文库的方法，依次包括如下步骤：(1)将ctDNA样本依次进行末端修复和3’端加A处理；(2)将步骤(1)处理后的ctDNA与接头混合物连接，经过PCR扩增后得到文库；所述接头混合物由n个接头组成；每个接头均由一条上游引物甲和一条下游引物甲形成部分双链结构得到；上游引物甲中具有barcode标签甲；下游引物甲中具有barcode标签乙；barcode标签甲和barcode标签乙反向互补；barcode标签甲由A、T、C和G组成，排列顺序任意；n个接头采用n个不同的barcode标签甲；n为≥8的任意自然数。
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