[发明专利]一种刺五加目的基因SSR分子标记的筛选方法及应用

摘要

本发明公开了一种刺五加目的基因SSR分子标记的筛选方法及应用，筛选方法具体步骤为：1)分别提取刺五加各组织的总RNA；2)总RNA反转录后进行RNA‑seq测序，Trinity软件进行unigene组装；3)筛选出与刺五加皂苷、SOD等合成积累相关的unigene，MicroSatellite软件筛选这些unigene上的SSR位点；4)Primer3.0软件设计引物，并合成；5)基因组DNA为模板进行PCR扩增；6)PCR产物进行电泳检测，开发目的基因SSR引物。本发明高效、更有针对性的开发与目的性状相关的候选SSR分子标记，为优良刺五加种质资源的分子鉴定提供有效标记。对优良刺五加种质资源早期鉴定和加快育种进程具有重要意义。

主权项

1.一种刺五加目的基因SSR分子标记的筛选方法，其特征在于，筛选方法包括以下步骤：步骤1、分别提取刺五加果实、根、茎和叶的总RNA，等量混合不同组织器官的总RNA；步骤2、将步骤1中的总RNA样品反转录后，进行RNA‑seq测序，并利用Trinity软件进行unigene组装；步骤3、利用unigene具有基因功能注释的特点，筛选出与刺五加功能活性成分合成积累相关的unigene，利用MicroSatellite软件筛选这些unigene上的SSR位点；步骤4、根据目的基因SSR位点两端互补序列，利用Primer3.0软件设计引物，并合成；步骤5、以刺五加叶片基因组DNA为模板进行PCR扩增；步骤6、PCR产物进行电泳检测，筛选符合预期产物大小且条带清晰的目的基因SSR引物。