[发明专利]用于常见遗传病检测的探针、基因芯片及制备方法和应用

摘要

本申请公开了一种用于常见遗传病检测的探针、基因芯片及制备方法和应用。本申请制备方法包括根据地贫、苯丙酮尿症、脊肌萎缩症、肝豆状核变性、假肥大性肌营养不良、糖原累积病II型、甲基丙二酸血症、甲基丙二酸尿症伴同型半胱氨酸尿症cblC型和眼皮肤白化病1型的基因构建目标捕获区域，设计捕获探针；目标捕获区域包括α和β基因簇所有珠蛋白基因和重要调控区域、已有缺失突变断点和SNP位点，及SMN1、PAH、ATP7B、DMD、GAA、MUT、MMACHC和TYR基因。本申请针对九种遗传病相关基因设计能覆盖这些常见遗传病基因突变的探针，所制备的探针能用于九种遗传病检测，适于大规模人群诊断与筛查。

主权项

1.一种用于常见遗传病检测的探针的制备方法，所述常见遗传病包括地中海贫血、苯丙酮尿症、脊肌萎缩症、肝豆状核变性、假肥大性肌营养不良、糖原累积病II型、MUT基因相关的甲基丙二酸血症、甲基丙二酸尿症伴同型半胱氨酸尿症cblC型和眼皮肤白化病1型，其特征在于：所述制备方法包括根据各靶标基因选定各自的目标捕获区域；根据所述目标捕获区域设计捕获探针，即所述用于常见遗传病检测的探针；所述目标捕获区域包括以下区域，(a)alpha基因簇所有珠蛋白基因和重要调控区域，包括HBA1、HBA2、HBZ、HBQ1、HS‑40区域，和5’HVR、HVR、3’HVR，针对以上基因全长片段并将其向外延伸70bp作为目标捕获区域；(b)以已有记录的缺失型alpha地中海贫血突变断点作为目标捕获区域；(c)以已记录的缺失型alpha突变所涉及到的最大的缺失范围为目标，在其范围内，每隔1kb选取1个SNP位点，所选的SNP位点为dbSNP中记录MAF在0.3‑0.5之间的位点，同时，所选的SNP位点所在序列在基因组上无其它高度同源序列，以所选的SNP位点作为目标捕获区域；(d)beta基因簇所有珠蛋白基因和重要调控区域，包括HBB、HBD、HBG1、HBG2、HBE1、LCR HS‑1、LCR HS‑2、LCR HS‑3、LCR HS‑4和LCR HS‑5，针对以上基因全长片段并将其向外延伸70bp作为目标捕获区域；(e)以已有记录的缺失型beta地贫突变断点作为目标捕获区域；(f)以SMN1基因全基因组区域并向上下游延伸各30bp作为目标捕获区域；(g)以PAH基因外显子区域并向内含子区延伸30bp作为最终目标捕获区域；同时，以PAH基因内含子区的致病突变位点向上下游各延伸50bp作为目标捕获区域；(h)以ATP7B基因外显子区域并向内含子区延伸30bp作为最终目标捕获区域；同时，以ATP7B基因内含子区的致病突变位点向上下游各延伸50bp作为目标捕获区域；(i)以DMD基因外显子区域并向内含子区延伸30bp作为最终目标捕获区域；(j)以GAA基因外显子区域并向内含子区延伸30bp作为最终目标捕获区域；(k)以MUT基因外显子区域并向内含子区延伸30bp作为最终目标捕获区域；(l)以MMACHC基因外显子区域并向内含子区延伸30bp作为最终目标捕获区域；(m)以TYR基因外显子区域并向内含子区延伸30bp作为最终目标捕获区域。