[发明专利]一种阪崎克罗诺杆菌CRISPR分型方法有效
| 申请号： | 201810988580.8 | 申请日： | 2018-08-28 |
| 公开（公告）号： | CN109295184B | 公开（公告）日： | 2021-06-15 |
| 发明（设计）人： | 曾海燕;李程思;吴清平;张菊梅;何文静 | 申请（专利权）人： | 广东省微生物研究所（广东省微生物分析检测中心） |
| 主分类号： | C12Q1/6869 | 分类号： | C12Q1/6869;C12Q1/689;C12Q1/04 |
| 代理公司： | 广州科粤专利商标代理有限公司 44001 | 代理人： | 朱双;刘明星 |
| 地址： | 510070 广东省广*** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种阪崎克罗诺杆菌CRISPR分型方法。本方法通过对阪崎克罗诺杆菌的CRISPR1、CRISPR2、CRISPR3和CRISPR6位点序列进行DNA测序，提取四个位点序列中的间隔序列，根据四者的间隔序列组合确定阪崎克罗诺杆菌的CRISPR型别。本发明方法简单、快速、低成本、分辨率高于MLST分型方法，无环境污染，对实验室设备及软件要求低，且CRISPR分子保存有历史侵染的噬菌体及质粒等诸多信息，并可联合数据库实现全国甚至全球标准化分子溯源，可以推广至食品、检验检疫等领域。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 阪崎克罗诺 杆菌 crispr 方法 | ||
【主权项】：
1.一种非疾病的诊断和治疗目的的阪崎克罗诺杆菌CRISPR分型方法，其特征在于，包括以下步骤：a.提取待检测菌株培养物的DNA；b.分别取适量步骤a的DNA，进行CRISPR1、CRISPR2、CRISPR3和CRISPR6位点的PCR扩增，其中CRISPR1位点的扩增引物为E‑1F和E‑1R，CRISPR2位点的扩增引物为E‑2F和E‑2R，CRISPR3位点的扩增引物为E‑3F和E‑3R或E‑3F和E‑3R6R，CRISPR6位点的扩增引物为E‑6F和E‑3R6R；所述的引物E‑1F，其序列如SED ID NO.1所示，所述的引物E‑1R，其序列如SED ID NO.2所示，所述的引物E‑2F，其序列如SED ID NO.3所示，所述的引物E‑2R，其序列如SED ID NO.4所示，所述的引物E‑3F，其序列如SED ID NO.5所示，所述的引物E‑3R，其序列如SED ID NO.6所示，所述的引物E‑6F，其序列如SED ID NO.7所示，所述的引物E‑3R6R，其序列如SED ID NO.8所示；c.分别对步骤b所述的CRISPR1、CRISPR2、CRISPR3和CRISPR6位点的PCR扩增产物进行DNA测序；d.提取CRISPR1、CRISPR2、CRISPR3和CRISPR6位点序列中的间隔序列，根据四者的间隔序列组合确定阪崎克罗诺杆菌的CRISPR型别。
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