[发明专利]一种基于转录组测序开发叶子花SSR引物的方法在审
| 申请号： | 201811098836.4 | 申请日： | 2018-09-19 |
| 公开（公告）号： | CN109207560A | 公开（公告）日： | 2019-01-15 |
| 发明（设计）人： | 孙利娜;唐庆;林茂;李进华;杜铃;杨舒婷;陈尔;孙开道;黄欣;廖美兰 | 申请（专利权）人： | 广西壮族自治区林业科学研究院 |
| 主分类号： | C12Q1/6811 | 分类号： | C12Q1/6811;C12N15/11 |
| 代理公司： | 深圳中一专利商标事务所 44237 | 代理人： | 官建红 |
| 地址： | 530000 广*** | 国省代码： | 广西;45 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种基于转录组测序开发叶子花SSR引物的方法，其特征在于包括以下步骤：(1)转录组测序；(2)SSR位点检测；(3)引物设计；(4)SSR体系建立与检测。本发明是基于转录组测序获得叶子花SSR引物的方法，该方法填补了叶子花缺乏自身SSR引物的空白，可用SSR标记进行叶子花品种间亲缘关系鉴定、遗传多样性分析和指纹图谱建立等研究，从而为叶子花的分子辅助育种提供理论依据和技术支撑。 | ||
| 搜索关键词： | 叶子花 转录组 测序 遗传多样性分析 分子辅助育种 亲缘关系鉴定 指纹图谱建立 技术支撑 体系建立 位点检测 引物设计 可用 开发 填补 检测 研究 | ||
【主权项】：
1.一种基于转录组测序开发叶子花SSR引物的方法，其特征在于,包括如下步骤：(1)转录组测序：对叶子花的叶片、苞片、嫩梢、花朵等量混合后进行转录组测序；(2)筛选SSR位点：基于叶子花转录组测序数据，用SSR Hunter1.3寻找微卫星；(3)引物设计：采用Primer 5进行引物设计与评价，设计引物时设置的主要参数为:GC含量40％～70％，退火温度55～60℃，引物长18～25bp，预期扩增产物长度120～250bp，且无二级结构和二聚体；(4)SSR体系建立与检测：从设计的批量引物中挑选引物对进行合成，以24个叶子花品种的基因组DNA为模板，采用PCR程序进行扩增，扩增产物经毛细管电泳，对可扩增出特异性条带的引物进行筛选，筛选出多态性的SSR引物。
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