[发明专利]一种拟穴青蟹高密度遗传图谱的构建方法

摘要

本发明涉及一种拟穴青蟹高密度遗传图谱的构建方法，主要包括作图群体构建、简化基因组文库构建及高通量测序、基因分型和高密度遗传图谱构建四个步骤。本发明利用母本和子代的基因型对父本基因型进行反推，然后进行基因分型，从而构建遗传图谱，为样本材料中只有单亲本或难以同时获得双亲本的动植物家系遗传图谱的构建提供了新的思路和方法，有利于遗传图谱的构建，推进遗传背景的研究进程，在分子育种领域具有良好的应用前景。本发明采用基于SNP标记的分型技术，具有标记数量多、多态性丰富、遗传稳定等优点，得到的遗传图谱密度高、质量好，可用于后续重要经济性状的QTL定位和基因组的辅助组装。

主权项

1.一种拟穴青蟹高密度遗传图谱的构建方法，其特征在于，主要包括以下步骤：(1)作图群体构建；(2)简化基因组文库构建及高通量测序：选择最适的酶切方案，对检测合格的基因组DNA分别进行酶切；对得到的酶切片段进行3’端加A处理、连接Dual‑index测序接头、PCR扩增、纯化、混样、切胶选取合适的目的片段，文库质检合格后用Illumina HiSeqTM 2500平台进行测序；(3)基因分型：过滤掉原始测序数据中低质量的Reads，根据Dual‑index接头识别原始数据，得到每个样品的Reads；对过滤后的Reads进行质量和数量评估，并通过Control测序数据与其基因组的比对效率评估酶切效率；将酶切片段作为一个SLAF标签，通过GATK软件对每个SLAF标签中的多态性SNP标签进行检测和统计分析，并对多态性SNP标签进行基因型编码；(4)高密度遗传图谱构建：过滤掉低质量的SNP标签，筛选出适合作图的SNP标签；利用Joinmap软件计算SNP标签间的MLOD值，过滤掉MLOD值低于6的标签，根据MLOD值将SNP标签分为不同的连锁群，采用HighMap软件分析连锁群内Marker的线性排列顺序，并估算相邻Marker间的遗传距离，然后绘制整合遗传图谱，并根据雌、雄中Marker的差异分别构建雌、雄遗传图谱。