[发明专利]一种基于全基因组DNA甲基化位点基因型的分型方法在审
| 申请号： | 201811332420.4 | 申请日： | 2018-11-09 |
| 公开（公告）号： | CN109402285A | 公开（公告）日： | 2019-03-01 |
| 发明（设计）人： | 张德强;肖亮;权明洋;卢文杰;杜庆章 | 申请（专利权）人： | 北京林业大学 |
| 主分类号： | C12Q1/6895 | 分类号： | C12Q1/6895;C12Q1/6869 |
| 代理公司： | 北京高沃律师事务所 11569 | 代理人： | 刘奇 |
| 地址： | 100000 *** | 国省代码： | 北京;11 |
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| 摘要： | 本发明提供了一种基于全基因组DNA甲基化位点基因型的分型方法，涉及植物分子育种技术领域，包括提取相同组织样品的基因组DNA；建立重亚硫酸盐处理的DNA文库，再进行测序，根据测序结果鉴定每个样品的DNA甲基化位点，计算甲基化支持率，根据甲基化位点的DNA甲基化支持率进行基因型分型。本发明提供的方法能够实现DNA甲基化位点等位基因型分型，而且本发明提供的分型方法是在相同时间点采取群体内不同个体的同一组织，可以排除环境效应以及生长状态对DNA甲基化状态的影响。本发明提供的方法利用高通量测序技术方法，对DNA甲基化位点的基因型进行精准分型。 | ||
| 搜索关键词： | 分型 甲基化位点 基因型 位点 全基因组DNA 测序 高通量测序技术 重亚硫酸盐处理 植物分子育种 等位基因型 基因型分型 基因组DNA 环境效应 生长状态 组织样品 甲基化 时间点 群体 | ||
【主权项】：
1.一种基于全基因组DNA甲基化位点基因型的分型方法，其特征在于，包括以下步骤：1)分别提取群体中每一个体的相同组织样品的基因组DNA；2)根据所述步骤1)提取的每个样品的基因组DNA建立重亚硫酸盐处理的DNA文库；3)分别对每个样品建立的重亚硫酸盐处理的DNA文库进行测序，得到每个样品的测序结果；4)根据步骤3)每个样品的测序结果鉴定每个样品的DNA甲基化位点；5)计算每个样品的每个DNA甲基化位点的甲基化支持率，根据甲基化位点的DNA甲基化支持率进行基因型分型；当DNA甲基化支持率大于0.7时，基因型为M:M；当DNA甲基化支持率为[0.3～0.7)时，基因型为U:M或M:U；当DNA甲基化支持率小于0.3时，基因型为U:U。
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