[发明专利]一种基于sanger测序快速鉴定人体真菌的方法在审
| 申请号： | 201811386212.2 | 申请日： | 2018-11-20 |
| 公开（公告）号： | CN109722485A | 公开（公告）日： | 2019-05-07 |
| 发明（设计）人： | 辛文斌;孙子奎;丁方美;王锋 | 申请（专利权）人： | 上海派森诺生物科技股份有限公司 |
| 主分类号： | C12Q1/6895 | 分类号： | C12Q1/6895;C12Q1/6869 |
| 代理公司： | 上海天翔知识产权代理有限公司 31224 | 代理人： | 吕伴 |
| 地址： | 200030 上海市*** | 国省代码： | 上海;31 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种基于sanger测序快速鉴定人体真菌的方法，其特征在于，包括DNA提取和质检步骤、引物设计和合成步骤、PCR扩增步骤、PCR产物纯化步骤、PCR产物纯化步骤、测序步骤、数据处理步骤。本发明的有益效果在于：可以通过特异的引物把具体的物种的基因序列扩增出来，并通过测序验证比对，一一对应，准确率几乎接近百分之百。而且只需要提取一定的菌落提取DNA后保存，避免了在培养过程中产生交叉污染，导致误判。本方法相比其他方法，方便、快捷、准确性高。 | ||
| 搜索关键词： | 快速鉴定 真菌 测序 数据处理步骤 合成步骤 基因序列 交叉污染 引物设计 提取DNA 误判 菌落 准确率 比对 扩增 引物 质检 验证 物种 保存 | ||
【主权项】：
1.一种基于sanger测序快速鉴定人体真菌的方法，其特征在于，包括如下步骤：DNA提取和质检步骤：使用分泌物(真菌)DNA提取试剂盒进行DNA提取；使用NanoDrop2000检测样品浓度和纯度，当样品的浓度>10ng/uL和纯度在1.6～2.0之间，视为合格；引物设计和合成步骤：根据要扩增的目的基因序列，在在NCBI网站(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer‑blast/index.cgi？LINK_LOC＝BlastHome)上进行设计，设置的主要参数为：引物长度一般为18～24bp；理论退火温度Tm值55℃～65℃；(G+C)含量40％～70％；扩增片段大小<800bp；将设计出来的引物信息做好记录，包括引物名称，序列以及产物的大小；然后进行引物的合成；PCR扩增步骤：确认DNA模板质量合格的情况下，可以安排进行PCR扩增，反应体系为25ul；以基因组为模板选用New England Biolabs,Ltd Q5超保真DNA聚合酶进行PCR扩增；PCR产物纯化步骤：使用1.5％琼脂糖凝胶电泳对PCR扩增后的未纯化样品进行纯化；测序步骤：使用ABI公司的BDT3.1测序试剂盒进行测序的前处理后放入测序仪进行测序；数据处理步骤：使用拼接软件DNAStar进行拼接后使用blast方法进行处理。
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