[发明专利]一种高通量筛选植物基因组差异等位表达的基因的方法

摘要

本发明提供了一种高通量筛选植物基因组等位不平衡表达的杂合变异位点的方法，属于遗传学研究领域，包括以下步骤：1)外源调控因素处理植物材料获得处理样品；2)提取处理样品和对照样品的总RNA，构建链特异性测序文库并进行高通量测序；3)过滤所述原始测序数据获得clean reads；4)将所述clean reads分别与参考基因组进行比对获得比对结果；5)删除比对结果中多余复制读段，将出现INDEL位点周围的序列进行重新比对获得最终比对结果数据；6)将所述最终比对结果数据进行等位位点变异筛选获得等位不平衡表达的杂合变异位点。所述方法解决了在等位水平上解析基因组对外界环境响应的分析难题。

主权项

1.一种高通量筛选植物基因组等位不平衡表达的杂合变异位点的方法，包括以下步骤：1)外源调控因素处理植物材料获得处理样品，未进行外源调控因素处理的样品为对照样品；2)提取步骤1)中所述处理样品和对照样品的总RNA，构建处理样品和对照样品的链特异性测序文库；用Illumina Hiseq2500对所述处理样品和对照样品的链特异性测序文库进行高通量测序获得处理样品和对照样品的原始测序数据；3)过滤所述处理样品和对照样品的原始测序数据获得处理样品和对照样品的cleanreads；4)将所述处理样品和对照样品的cleanreads分别与参考基因组进行比对获得处理样品比对结果与对照样品比对结果；5)分别删除处理样品比对结果和对照样品比对结果中由PCR扩增所形成相同的多余复制读段，然后将出现INDEL位点的上下游共500bp与参考基因组进行重新比对获得处理样品和对照样品的最终比对结果数据；6)将所述处理样品和对照样品的最终比对结果数据进行等位位点变异筛选，筛选处理样品与对照样品中基因型相同、表达量不同的杂合位点，获得等位不平衡表达的杂合变异位点。