[发明专利]用于评估前列腺癌晚期临床终点的算法和方法

摘要

本公开文本涉及基于多基因表达的基因组前列腺得分^TM(GPS^TM)算法用于评估前列腺癌患者中的各种临床终点的用途，所述临床终点是例如临床复发(CR)、生化复发(BCR)、远处转移(Met)和前列腺癌死亡(PCD)的风险。在一些实施方案中，确定低和中等风险的前列腺癌患者的GPS结果，以帮助确定针对那些患者的治疗策略。

主权项

1.一种预测前列腺癌患者中不良临床结果的可能性的方法，所述方法包括：(a)在含有从所述患者获得的癌细胞的生物样品中测量以下基因的RNA转录物水平：BGN、COL1A1、SFRP4、FLNC、GSN、TPM2、GSTM2、FAM13C、KLK2、AZGP1、SRD5A2和TPX2；(b)对所述基因的RNA转录物水平进行归一化以获得归一化的基因表达水平；(c)计算所述患者的量化得分(QS)，其中所述量化得分如下计算，其中以下基因符号代表每个相应基因的归一化基因表达水平：(i)如下计算未标定的量化得分(QSu)：QSu＝0.735*基质响应群得分‑0.368*细胞组织群得分‑0.352*雄激素群得分+0.095*增殖群得分其中：所述基质响应群得分＝0.527*BGN+0.457*COL1A1+0.156*SFRP4所述细胞组织群得分＝0.163*FLNC+0.504*GSN+0.421*TPM2+0.394*GSTM2所述雄激素群得分＝0.634*FAM13C+1.079*KLK2+0.642*AZGP1+0.997*SRD5A2 Thresh所述增殖群得分＝TPX2 Thresh其中SRD5A2 Thresh和TPX2 Thresh是通过阈值化如下计算：(ii)计算标定的量化得分(QS)，其中：(d)将所述患者分配到量化得分组，其中(i)如果所述患者的QS<或≤阈值38、39、40、41或42，则将所述患者分配到较低得分组；以及(ii)如果所述患者的QS>或≥阈值38、39、40、41或42，则将所述患者分配到高得分组；并且(e)基于所述患者的得分组预测所述患者的不良临床结果的可能性，其中较低得分组表示与高得分组相比不良临床结果的风险较低。