[发明专利]一种HLA测序峰图识别方法有效
| 申请号： | 201910026426.7 | 申请日： | 2019-01-11 |
| 公开（公告）号： | CN109753939B | 公开（公告）日： | 2021-04-20 |
| 发明（设计）人： | 丛华剑;王连水;洪轲;徐明;张倩;李庆林;张琛;齐效乾 | 申请（专利权）人： | 银丰基因科技有限公司;银丰生物工程集团有限公司 |
| 主分类号： | G06K9/00 | 分类号： | G06K9/00 |
| 代理公司： | 济南泉城专利商标事务所 37218 | 代理人： | 刘德 |
| 地址： | 250101 山东省济南市高*** | 国省代码： | 山东;37 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种HLA测序峰图识别方法：(1)构建峰图识别模型：①收集已有的HLA下机峰图数据，②进行预处理，完成二进制ab1文件的信息提取，原始序列比对，序列分割以及错位修复工作；③特征提取；④收集大量人工已识别数据，利用随机森林算法训练数据，构建峰图识别模型；(2)利用峰图识别模型，对待测的HLA一代测序原始下机数据进行碱基识别；(3)整理识别好的碱基序列，将单链与双链部分序列重新组装；(4)输出识别结果。本发明的识别方法可准确获得峰图序列信息，整体准确率在99.5％以上，大大提高了HLA数据判读人员的工作效率。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 hla 测序峰图 识别 方法 | ||
【主权项】：
1.一种HLA测序峰图识别方法，其特征在于：包括以下步骤：(1)构建峰图识别模型：①收集大量人工已识别数据，并导入峰图识别系统的预处理模块中；②对导入的HLA下机峰图数据进行预处理，完成二进制ab1文件的信息提取，原始序列比对，序列分割以及错位修复工作；③对上述预处理后的峰图信息进行特征提取：将影响峰图判断的关键数据提取出来，用于训练峰图模型；选择两种特征值进行提取，一种是峰图的有效信号值，该信号值包含了峰的波动信息，从下机文件信息中自动提取；另一种是峰图的位置信息，该信息通过对这段峰图序列的参考序列进行统计获取；最终将峰图的有效信号值与峰位置信息提取成信息文件；④利用随机森林算法训练数据，结合上述提取的信息，构建峰图识别模型；(2)利用上述构建好的峰图识别模型，对待测的HLA一代测序原始下机数据进行碱基识别；(3)整理识别好的碱基序列，将单链与双链部分序列重新组装；(4)输出识别结果。
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