[发明专利]一种联合ATAC-seq和RNA-seq筛选食药用菌功能基因的方法在审
| 申请号： | 201910211118.1 | 申请日： | 2019-03-20 |
| 公开（公告）号： | CN109837335A | 公开（公告）日： | 2019-06-04 |
| 发明（设计）人： | 杨驰;马璐;林衍铨 | 申请（专利权）人： | 福建省农业科学院食用菌研究所（福建省蘑菇菌种研究推广站） |
| 主分类号： | C12Q1/6869 | 分类号： | C12Q1/6869 |
| 代理公司： | 福州科扬专利事务所 35001 | 代理人： | 严欢 |
| 地址： | 350000 福*** | 国省代码： | 福建;35 |
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| 摘要： | 本发明公开一种联合ATAC‑seq和RNA‑seq筛选食药用菌功能基因的方法，利用ATAC‑seq方法测试出食药用菌在环境因子诱导前后的菌丝培养阶段的菌丝和经过环境因子诱导原基分化后原基的开放染色质区域并分析开放区域编码基因，利用RNA‑seq方法测试出食药用菌在菌丝阶段的菌丝和经过原基分化后的原基的mRNA序列，并利用Venn图寻找经过ATAC‑seq方法和RNA‑seq方法获得的基因序列之间的共有差异基因，最终通过生物学分析在共有差异基因中寻找影响食药用菌原基分化的关键功能性基因序列。 | ||
| 搜索关键词： | 食药用菌 菌丝 原基分化 差异基因 功能基因 环境因子 原基 诱导 筛选 菌丝培养阶段 测试 功能性基因 染色质区域 生物学分析 编码基因 基因序列 开放区域 联合 分析 开放 | ||
【主权项】：
1.一种联合ATAC‑seq和RNA‑seq筛选食药用菌功能基因的方法，其特征在于：利用ATAC‑seq方法测试出食药用菌在环境因子诱导前后的菌丝培养阶段的菌丝和经过环境因子诱导原基分化后原基的开放染色质区域并分析开放区域编码基因，利用RNA‑seq方法测试出食药用菌在菌丝阶段的菌丝和经过原基分化后的原基的mRNA序列，并利用Venn图寻找经过ATAC‑seq方法和RNA‑seq方法获得的基因序列之间的共有差异基因，最终通过生物学分析在共有差异基因中寻找影响食药用菌原基分化的关键功能性基因。
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