[发明专利]一种线粒体拷贝数和序列变异的检测方法

摘要

本发明公开了一种线粒体拷贝数和序列变异的检测方法。本发明基于BGI‑Seq系列测序平台，建立一种高通量、低成本、自动化的线粒体变异检测技术，该技术包括线粒体全基因组DNA分离和基因组管家基因扩增、文库构建和测序以及配套信息分析算法开发。本发明的技术可同时实现线粒体拷贝数变异和序列变异检测，且通量高，批次间差异小，准确性高，成本低，用时短，完全能够满足自动化生产的需求。本发明的技术可应用于mtDNA体细胞突变研究和检测、线粒体相关疾病诊断、线粒体在衰老过程中所发挥作用研究和肿瘤细胞代谢活性相关研究等，具有良好前景。

主权项

1.一种线粒体DNA拷贝数和序列变异的检测方法，包括如下步骤：(1)采用用于扩增管家基因的引物对对待测者的基因组DNA进行PCR扩增，得到管家基因扩增产物，并检测所述管家基因的扩增效率，得到所述管家基因扩增效率；采用用于扩增线粒体全基因组DNA的引物对对待测者的基因组DNA进行PCR扩增，得到线粒体全基因组DNA扩增产物，并检测所述线粒体全基因组DNA的扩增效率，得到所述线粒体全基因组DNA扩增效率；(2)将所述管家基因扩增产物和线粒体全基因组DNA混匀，得到混合产物；(3)将所述混合产物建库并基于BGI‑Seq系列测序平台进行测序，根据测序结果确定待测者线粒体DNA拷贝数和序列变异情况；所述线粒体DNA拷贝数Cmt的计算公式如下：Cmt＝ρ×(x/y)，ρ为所述管家基因扩增效率与所述线粒体全基因组DNA扩增效率的比值；x为所述管家基因的reads数，y为所述线粒体全基因组DNA的reads数。