[发明专利]一种通用的短串联重复序列等位基因阶梯的制备方法

摘要

本发明提供一种通用的短串联重复序列等位基因阶梯的制备方法，其包括如下步骤：(1)根据STR基因座设计并合成引物及质粒；(2)采用引物，以质粒作为扩增模板，进行PCR扩增反应；(3)对PCR扩增产物进行纯化，适当稀释后获得STR等位基因阶梯。本发明仅需要合成1个质粒、1次PCR反应，对PCR产物进行纯化稀释后即可得到相应STR基因座的allele ladder，大大简化了STR基因座allele ladder的制备流程、制备的人力成本、时间成本与经济成本。

主权项

1.一种通用的短串联重复序列等位基因阶梯的制备方法，其特征在于，包括如下步骤：(1)根据STR基因座设计并合成引物及质粒；(2)采用引物，以质粒作为扩增模板，进行PCR扩增反应；(3)对PCR扩增产物进行纯化，适当稀释后获得STR等位基因阶梯；其中，所述步骤(1)中的质粒包括如下所示的结构：其中，根据STR基因组参考序列设计扩增引物：正向引物F、反向引物R及长引物FPx；repeat及P均表示核心重复结构域中的核心重复单元；F为正向引物F对应的DNA片段；b5为正向引物F与重复结构域间的侧翼序列；Rc为反向引物R的反向互补序列对应的DNA片段；b3为核心重复结构域与Rc间的侧翼序列；虚线所示为质粒骨架序列；长引物FPx中P的重复单元数为x：当核心重复单元中的碱基数为4时：x可取值为4，5或6，当核心重复单元中的碱基数为5时：x可取值为3，4或5；repeat的重复单元数为z：z＝y+x‑1；其中，y为STR等位基因阶梯需包含的DNA片段数，y＝(m+1)‑(n‑1)+1＝m‑n+3，n：核心重复结构域中的最小重复次数，m：核心重复结构域中的最大重复次数；b5+b3序列中需随机散在插入的重复单元数k＝m‑z+1。