[发明专利]一种基于SNP分型的与古人比较相似性的方法

摘要

本发明公布了生物信息技术领域的一种基于SNP分型的与古人比较相似性的方法，获取参考人群样本的SNP分型结果，获取待比较的古人样本的SNP分型结果；获取外围的非洲人群样本的SNP分型结果；获取待测样本、参考人群样本、待比较的古人样本以及外围的非洲人群样本进行合并的结果；根据所述相似性，获得显著相似的结果，得到相似性程度；计算所述待测样本的SNP分型结果相比参考人群与古人样本相似性；可以针对性的利用SNP分型结果，对待测样本与古人相似性进行比较，可以广泛的应用在多个不同的领域，例如在考古学方面可以利用该技术对待检测样本与古人比较后，根据被比较的古人的已知来源，从基因层面给出待测考古对象的潜在来源。

主权项

1.一种基于SNP分型的与古人比较相似性的方法，其特征在于：该基于SNP分型的与古人比较相似性的方法包括如下步骤：获取待测样本的SNP分型结果；获取参考人群样本的SNP分型结果；获取待比较的古人样本的SNP分型结果；获取外围的非洲人群样本的SNP分型结果；获取待测样本、参考人群样本、待比较的古人样本以及外围的非洲人群样本进行合并的结果；计算所述待测样本的SNP分型结果相比参考人群与古人样本相似性；根据所述相似性，获得显著相似的结果，得到相似性程度。(1)使用芯片或测序技术，获得待测样本的SNP分型结果，转换成特定格式；(2)从国际项目中，获取跟中国人有关的人群样本的基因数据，提取其SNP分型结果，转换成特定格式，并且将所有跟中国人相关的人群的数据进行合并；(3)从已发表的权威论文中，获取古人的基因数据，提取其SNP分型结果，转换成特定格式；(4)从公共数据库中，获取作为外围比较的非洲人群样本的SNP分型结果，转换成特定格式；(5)根据待测样本、参考人群样本、待比较的古人样本以及非洲人群样本的重叠的SNP名字，获取合并后的SNP分型结果，并转换成特定格式；(6)使用f4统计方法，设定W为待测样本，X为参考人群样本，Y为待比较的古人样本，Z为外围的非洲人群样本，使用AdmixTools的qpDstat功能，计算出比较相似性结果；(7)得到的结果包含的类型有Dstat、Zscore、BABA、ABBA、SNP#，根据Zscore，可以进行得到相似性程度的判断；(8)设定相似性程度显著的判断标准为Zscore的绝对值大于等于3，即当Zscore大于等于3的行和Zscore小于等于‑3的行，表明该行的比较相似性结果具有显著性；(9)将Zscore大于等于3的行进行输出，得出结论，待测样本W相比参考人群样本X，更接近古人样本Y。且Zscore越大，相似性越大；(10)将Zscore小于等于‑3的行进行输出，得出结论，参考人群样本X相比待测样本W，更接近古人样本Y。且Zscore越小，相似性越大；(11)如果Zscore的绝对值小于3，得出结论，待测样本W与参考人群样本X，没有谁更接近古人样本Y；(12)将所有结果格式化后输出。