[发明专利]一种从批量contig中批量获取麦类植物LMW-GS基因编码区的方法有效
| 申请号： | 201910715739.3 | 申请日： | 2019-07-24 |
| 公开（公告）号： | CN110634532B | 公开（公告）日： | 2022-09-30 |
| 发明（设计）人： | 张胜利;李东方;董松果;朱启迪;杨靖;周岩 | 申请（专利权）人： | 河南科技学院 |
| 主分类号： | G16B30/10 | 分类号： | G16B30/10;G16B30/20;G16B50/00 |
| 代理公司： | 暂无信息 | 代理人： | 暂无信息 |
| 地址： | 453003 河南省新*** | 国省代码： | 河南;41 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种从批量contig中批量获取麦类植物LMW‑GS基因编码区的方法，其特征在于：本发明目的是克服从批量SeqMan组装出来的contig中批量获取不同麦类植物LMW‑GS基因编码区困难的问题。根据SeqMan组装出来的不同小麦材料中LMW‑GS基因的contig序列，先进行序列标识的批量重命名，并整理至同一个fasta格式的文件中；接着根据该基因N端、C端保守的特点，采用已经发表的中国春、小偃54的LMW‑GS基因编码区的两端各90bp序列为参比序列，与SeqMan组装出来的对应不同小麦材料中相应contig序列(即LMW‑GS基因的基因组DNA序列)进行比对，找到相应编码区的起始位置；最后根据起始位置从SeqMan组装出来的LMW‑GS基因contig中批量提取出编码区序列。这为进行该类基因的功能研究奠定了良好的基础。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 批量 contig 获取 植物 lmw gs 基因 编码 方法 | ||
【主权项】：
1.一种从批量contig中批量获取麦类植物LMW-GS基因编码区的方法，其特征在于，所述方法包括：S1：本发明根据LMW-GS基因PCR产物PacBio测序后SeqMan组装出来的不同小麦材料中LMW-GS基因的contig序列，先进行序列标识的批量重命名并整理至同一个fasta格式的文件中；S2：接着根据该基因N端、C端保守的特点，采用已经发表的中国春、小偃54的LMW-GS基因编码区的两端各90bp序列为参比序列，与SeqMan组装出来的对应不同小麦材料中相应contig序列(即LMW-GS基因的基因组DNA序列)进行比对，找到相应编码区的起始位置；S3：最后根据起始位置从SeqMan组装出来的LMW-GS基因contig中批量提取出编码区序列。/n
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