[发明专利]SAM及BAM文件CIGAR域的压缩及解压还原方法、系统和介质有效
| 申请号： | 201910789642.7 | 申请日： | 2019-08-26 |
| 公开（公告）号： | CN110708074B | 公开（公告）日： | 2022-12-02 |
| 发明（设计）人： | 徐霞丽;李根;冯博伦;黄能超;赵丽霞;马丑贤;王振国;杨耀 | 申请（专利权）人： | 人和未来生物科技（长沙）有限公司 |
| 主分类号： | H03M7/30 | 分类号： | H03M7/30 |
| 代理公司： | 湖南兆弘专利事务所(普通合伙) 43008 | 代理人： | 谭武艺;邹大坚 |
| 地址： | 410000 湖南省长沙市长沙高*** | 国省代码： | 湖南;43 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种SAM及BAM文件CIGAR域的压缩及解压还原方法、系统和介质，本发明从压缩前的预处理出发，将一个操作符的CIGAR域数据编码为第一指定内容，跳转执行步骤A6）；将两个操作符的CIGAR域数据编码为只包含其中一个操作符及其数字部分的第二指定内容，将三个及以上操作符的CIGAR域数据编码省略第一个操作符M及其数字部分“\d+M”、最后一个操作符的操作符M得到第三指定内容，结合CIGAR域的特性进行预处理，从而可将CIGAR域的内容按照一定规则预处理以实现CIGAR域的高倍压缩，具有预处理高效快速、压缩比高、压缩效果好的优点，本发明可适用于SAM文件、BAM文件两种格式，具有应用范围广的优点。 | ||
| 搜索关键词： | sam bam 文件 cigar 压缩 解压 还原 方法 系统 介质 | ||
【主权项】：
1.一种SAM及BAM文件CIGAR域的压缩及解压还原方法，其特征在于，针对只有一个操作符的CIGAR域数据的压缩步骤包括：将CIGAR域数据编码为第一指定内容，然后送入压缩器进行压缩；针对只有一个操作符的CIGAR域数据的解压还原步骤包括：在解压还原时，如果解压出CIGAR域的数据为第一指定内容，则将解压出的QUAL域内容的长度作为指定的默认操作符或者第一指定内容携带的操作符的数字部分，并将其和指定的默认操作符或者第一指定内容携带的操作符组合还原出原始CIGAR域的数据。/n
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