[发明专利]一种棘胸蛙蝌蚪变态期死亡风险预测技术在审
| 申请号： | 201910861365.6 | 申请日： | 2019-09-12 |
| 公开（公告）号： | CN110511990A | 公开（公告）日： | 2019-11-29 |
| 发明（设计）人： | 向建国;倪加加;李占景 | 申请（专利权）人： | 广东美立康生物科技有限公司 |
| 主分类号： | C12Q1/6869 | 分类号： | C12Q1/6869;C12Q1/04;C12R1/01 |
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| 地址： | 523808 广东省东*** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： | 一种棘胸蛙蝌蚪变态期死亡风险评估技术，是利用高通量测序技术通过分析原核生物16S rRNA基因V4‑V5高变区扩增子解析棘胸蛙蝌蚪变态前期和变态期肠道菌群结构，通过对特定的菌种和菌属在菌群结构中的相对比例计算预测棘胸蛙蝌蚪在变态期的死亡风险因子，为预测和防范棘胸蛙蝌蚪变态期死亡风险提供技术手段。 | ||
| 搜索关键词： | 棘胸蛙 蝌蚪变态 变态期 死亡 高通量测序技术 蝌蚪 比例计算 肠道菌群 风险评估 风险因子 技术手段 菌群结构 原核生物 高变区 扩增子 预测 菌属 菌种 解析 基因 防范 分析 | ||
【主权项】：
1.一种棘胸蛙蝌蚪变态期死亡风险评估技术，其特征在于，该技术方法如下：/n（1）从待进行风险预测的养殖池塘中随机抽取6尾棘胸蛙变态前期蝌蚪解剖取其肠道，放于2 ml离心管中采用细菌DNA提取试剂盒进行肠道菌群总DNA提取。/n（2）采用原核生物通用引物对原核生物16S rRNA基因V4-V5高变区进行PCR扩增，PCR产物经DNA凝胶回收试剂盒纯化后按照其DNA片段含量等摩尔分子量混合。/n（3）混合后的DNA片段采用Illumina MiSeq测序仪进行测序。测序得到的原始reads序列拼接、去除低质量序列和嵌合体后进行OTU划分并对各OTU进行物种注释，然后根据各样品测序深度选择测序深度最低的样品测序得到的高质量序列数进行随机重抽样后得到肠道菌群中各物种相对丰度值。/n（4）根据以上分析得到的相对丰度情况，利用拟杆菌属（Bacteroides）、肠球菌属（Enterococcus）、丙弧菌属（Propionivibrio）、红育菌属（Rhodoferax）、希瓦氏菌属（Shewanella）、热单胞菌属（Thermomonas）和琥珀酸螺菌（Succinispira mobilis）的相对丰度作为检测指标计算棘胸蛙蝌蚪变态期死亡风险因子。/n
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