[发明专利]一种基于转录组序列开发多态性SSR标记的方法在审
| 申请号： | 201910969089.5 | 申请日： | 2019-10-12 |
| 公开（公告）号： | CN110669834A | 公开（公告）日： | 2020-01-10 |
| 发明（设计）人： | 郑兴飞;胡中立;游艾青;周黎;徐得泽;费震江;董华林;胡建林;李珍连 | 申请（专利权）人： | 湖北省农业科学院粮食作物研究所 |
| 主分类号： | C12Q1/6869 | 分类号： | C12Q1/6869;C12Q1/6895;G16B20/30;G16B25/20 |
| 代理公司： | 11335 北京汇信合知识产权代理有限公司 | 代理人： | 王维新 |
| 地址： | 430000 湖北*** | 国省代码： | 湖北;42 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种基于转录组序列开发多态性SSR标记的方法，包括：S1、获得目标物种多个样本的转录组序列；S2、检测潜在的SSR位点信息；S3、筛选获得SSR位点重复基序类型与其相邻核苷酸序列信息；S4、筛选样本间多态性SSR候选位点；S5、对携带多态性SSR位点的转录组序列集，拼接为无重复的叠连群Uni‑contig，依据其侧翼保守序列设计引物，进行标记多态性检测。能够利用转录组序列有效筛选多态性的SSR标记，降低对计算机的配置要求，普通电脑即可完成，有效提高分子标记引物的有效性，缩短开发时间与成本，同时还可预测多态性SSR标记的PCR扩增片段长度及其连锁基因功能信息，显著提高转录组SSR标记的开发效率，促进分子辅助育种与功能基因研究。 | ||
| 搜索关键词： | 多态性 转录组序列 位点 样本 侧翼保守序列 分子标记引物 分子辅助育种 筛选 多态性检测 相邻核苷酸 功能基因 功能信息 开发效率 连锁基因 目标物种 配置要求 设计引物 位点信息 序列信息 有效筛选 重复基序 可预测 潜在的 转录组 拼接 开发 携带 计算机 检测 重复 电脑 研究 | ||
【主权项】：
1.一种基于转录组序列开发多态性SSR标记的方法，其特征在于：包括以下步骤：/nS1、获得目标物种多个样本的转录组序列；/nS2、对每个样本转录组序列，分别检测潜在的SSR位点信息；/nS3、对步骤S2中检出的SSR位点信息，利用序列筛选程序进行筛选，获得SSR位点重复基序类型与其相邻核苷酸序列信息；/nS4、对步骤S3中检出的SSR位点重复基序与其核苷酸序列信息，采用Perl语言编写程序，从中筛选样本间多态性SSR候选位点；/nS5、对步骤S4中携带多态性SSR位点的转录组序列集，拼接为无重复的叠连群Uni-contig，依据其侧翼保守序列设计引物，进行标记多态性检测。/n
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