[发明专利]用于MERFISH和其他应用的扩增方法和系统

摘要

本发明一般涉及用于对细胞或其他样品中的核酸进行成像或测定的系统和方法。在一些情况下，可以测定细胞的转录组。某些实施方案一般涉及以相对高的分辨率测定样品中的核酸和其他靶标。例如，可以将核酸探针应用于样品，并且可以使用初级和次级扩增器核酸来扩增核酸探针与靶标的结合。在一些情况下，存在最大数量的可以与靶标结合的扩增器核酸，例如，结合是可饱和的，并且即使在存在充足试剂的情况下也不能无限增长。这可能有利于例如控制每个结合事件的亮度，控制扩增区域的尺寸(例如，在成像期间)，和/或限制扩增噪声的程度(即分子间的扩增信号的最终变化)等。此外，在一些实施方案中，初级和/或次级扩增器核酸可以由4种天然存在的核苷酸中的仅3种形成，这可以导致更少的次级结构、更快的结合速率等。在一些情况下，这些特性可以促进多个正交扩增序列的快速设计，从而允许将这样的方法扩展到许多不同的分子靶标。