[发明专利]基于LINCS-L1000扰动信号的细胞活性预测方法有效

专利信息
申请号: 202010331009.6 申请日: 2020-04-24
公开(公告)号: CN111524554B 公开(公告)日: 2023-03-24
发明(设计)人: 陈明;秦玉芳;陆家兴 申请(专利权)人: 上海海洋大学
主分类号: G16B40/20 分类号: G16B40/20;G16B20/00;G16B50/00;G06N20/20;G06N5/01;G06N3/006
代理公司: 上海伯瑞杰知识产权代理有限公司 31227 代理人: 周一新
地址: 201306 上*** 国省代码: 上海;31
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摘要: 发明公开了基于LINCS‑L1000扰动信号的细胞活性预测方法,包括LINCS‑L1000、Achilles和CTRP的数据集预处理、建立模型、基因集富集分析、CTRP‑L1000与Achilles‑L1000跨数据集交互式验证和抗癌药物诱导下的细胞活性预测的步骤。本发明基于随机森林与弹性网的特征重要性加权融合算法模型,并结合FEBPSO‑XGBoost算法将基因组特征与癌细胞系中的药物敏感性相关联,建立药物反应的模型预测抗癌药物诱导下的细胞活性,克服现有的细胞活性预测方法存在预测精度过低和拟合较差的问题,用于新细胞系的细胞活性预测可为指导临床用药提供理论指导。
搜索关键词: 基于 lincs l1000 扰动 信号 细胞 活性 预测 方法
【主权项】:
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