[发明专利]一种FASTQ文件压缩中的碱基序列编码方法和系统在审
| 申请号： | 202011016128.9 | 申请日： | 2020-09-24 |
| 公开（公告）号： | CN112102883A | 公开（公告）日： | 2020-12-18 |
| 发明（设计）人： | 陈毓新;赵子健;李胜康;龚淳;黄志博;张勇;方林 | 申请（专利权）人： | 深圳华大生命科学研究院 |
| 主分类号： | G16B30/10 | 分类号： | G16B30/10 |
| 代理公司： | 北京纪凯知识产权代理有限公司 11245 | 代理人： | 赵悦 |
| 地址： | 518083 广东省深圳市*** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： | 本发明属于生物信息数据处理技术领域，涉及一种FASTQ文件压缩中的碱基序列编码方法和系统，S1对待编码碱基序列的简并碱基信息进行编码；S2判断待编码碱基序列是否存在接头序列，若存在所述接头序列则对所述接头序列进行编码；S3将待编码碱基序列与参考序列进行比对，若所述待编码碱基序列与参考序列比对成功，则将所述待编码碱基序列的比对信息进行编码；S4若所述待编码碱基序列与参考序列比对失败，则对所述待编码碱基序列进行熵编码。其通过尽量降低接头序列、简并碱基、低质量碱基给序列比对和熵编码带来的负面影响，从而提高了比对率和熵编码的压缩率。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 fastq 文件 压缩 中的 碱基 序列 编码 方法 系统 | ||
【主权项】：
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