[发明专利]用于高通量测序的HRD panel位点选择优化方法及系统有效
申请号: | 202310266193.4 | 申请日: | 2023-03-20 |
公开(公告)号: | CN115985399B | 公开(公告)日: | 2023-07-04 |
发明(设计)人: | 张桥石;资意;陈敬臣 | 申请(专利权)人: | 广州迈景基因医学科技有限公司 |
主分类号: | G16B30/00 | 分类号: | G16B30/00;G16B20/20;G16B20/30 |
代理公司: | 深圳维启专利代理有限公司 44827 | 代理人: | 马立新 |
地址: | 510700 广东省广州市黄埔区广*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | 本申请涉及用于高通量测序的HRD panel位点选择优化方法及系统,所述方法包括:生成候选SNP位点库;以候选SNP位点库为基础,按照以下方法选择与优化候选HRD panel位点:对所述初始候选panel位点进行连锁不平衡分析,并循环调换优化位点,直到组成panel的位点间不存在连锁不平衡;对以上生成的panel位点,对所述panel位点及其周围区域进行覆盖度预测打分,并循环调换优化位点,直到最后panel的位点组合满足不存在连锁不平衡,且panel位点及其周围区域的覆盖度预测打分结果为100%,获得HRD panel位点。本申请提高所设计的较大panel的精准性,保证panel探针性能较优。 | ||
搜索关键词: | 用于 通量 hrd panel 选择 优化 方法 系统 | ||
【主权项】:
暂无信息
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