[发明专利]水稻黄单胞菌hrp基因克隆和hrp基因调节基因

权利要求书

1、水稻黄单胞菌hrp基因克隆，包括来自水稻白叶枯病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzae，简称Xoo)、以载体pUFR034+36.8-kb hrp基因片段构建而成的hrp基因克隆pUHRX245，和来自水稻细条斑病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzicola，简称Xooc)、以载体pUFR034+39.3-kb hrp基因片段构建而成的hrp基因克隆pUHRS138。

2、根据权利要求1所述水稻黄单胞菌hrp基因克隆，其中Xoo hrp基因克隆pUHRX245还包括36.8-kb片段的亚克隆：

2.1)36.8-kb hrp基因片段，经EcoRI酶切后构建于载体pUFR034上形成4个亚克隆pHRE17、pUHRE13.5、pHRE3.3和pHRE3，分别含17.0、13.5、3.3和3.0-kb DNA片段；经KpnI酶切后构建形成4个亚克隆pHRK20、pHRK6、pHRK5.8和pHRK3.8，分别含20、6.0、5.8和3.8-kb DNA片段；

2.2)13.5-kb片段经BamHI酶切后构建得到pHRB2.3、pHRB5.2和pHRB6.0三个亚克隆，所含插入DNA片段分别为2.3、5.2和6.0-kb片段；

2.3)6.0-kb片段经SacI酶切后构建成2个亚克隆pHRS2.7和pHRS3.3，分别含2.7-kb和3.3-kb片段；

2.4)3.3-kb片段经SacI和KpnI双酶切后构建成2个亚克隆pSK1.1和pSK2.2，分别含1.1-kb和2.2-kb片段。

3、根据权利要求1所述水稻黄单胞菌hrp基因，其特征在于，Xooc hrp基因克隆pUHRS138还包括39.3-kb片段的亚克隆： 

3.1)39.3-kb hrp基因片段经EcoRI酶切后构建成3个亚克隆pHRE18.6、pHRE12.3和pHRE8.4，分别含18.6、12.3和8.4-kb DNA片段；经EcoRI部分酶切后获得pE20.7亚克隆，含20.7-kb(12.3+8.4-kb)DNA片段；

3.2)20.7-kb片段经KpnI部分酶切后构建成6个亚克隆pPK12.3、pPK8.4、pHRK6.6、pHR5.7、pHRK5.2和pHRK3.2，分别含12.3、8.4、6.6、5.7、5.2和3.2-kb片段；

3.3)6.6-kb片段经BamHI和KpnI双酶切后构建成2个亚克隆pBK2.1和pBK4.5，分别含2.1和4.5-kb两个片段。4.5-kb片段上有3个SacI酶切位点和1个EcoRI酶切位点。

4、水稻黄单胞菌hrp基因的调节基因包括：

4.1来自Xoo的hrp基因调节基因hrpXoo，其核苷酸序列为：5′GAGCTCGGCGATTGTTGTCTTTTGCTCCGCCCCCCAAGAGAGAGACCGGCATCCTTTCGACCTACTTTGCAGCGATCTCTGCGTTGTCTTACGCAGAACGTCTTCCTACCTATACGAGCAGGATGCTGGTTGGTGCTTGGCCGCAGGGACTGCAACACCTTCAACAGCGACGCGACGGGCAGGGTGCAGCCGATGGCGCCGACGATGAGGTCAGCCTGTTTGGTGCCAGCGGCGATGCGCTGCTGATCCTGGAATATCAAGAAGAGGCCGAAGACGCGTATCGGCAGGCTTTGAAAGCCATGCGCGGGCAGCAGCGCCAATTGCGTTTGCTGTCGTGCCGGAATACCGCCTGGTTGATGCTGAGCCAGCGACGCCTGAGTGCGGCATTGAACTGCTTTGCGCAGCTGGCGATGGATCGCGAAACGCCCCCCAGCCTGTGCGGCGAGAGCCTGCTGGGCAAGGCACTGACCCACTTTCATCTGGGCCAGAGCACGCTGGCCTTGCAGACCCTGGAGCGCGCCAACGAGGTGCTGGCCGAGCTGGAGAGTGGTGCTTCCGATTGGCTGCGTGTCGCCACCGCGCTGCGGCTGGACATGATCGCGCAGCTGCGCATCCGCCGCTCCGATCGCATGGTCGACCATGTGTTCTGGCAGGCCACGCTGCGCCAGGAAGATGCCGCGCATGCCTTCGAGCCCAGCGATTTACGCGCATGCATCGCCGATCTGGCCGAGAGCATGCCGGTGCTGGCGCAGCGCATGCGGCATGTGCGCAACCTGCTGCGGATCGTCGGCGGCGATACCTTCGGCTTCGATGCGCAGATCGATGCGTTGCCGGCTGCGGCCACCGGCTGCCCGCCGTGTGCGCGTCAGGACGCACAGGTGGAACTGGCGCTTGCCGCATTGGCGGTGGGGCGTGCCGATCTGGCCGAGCGCGCGCTGGCCGGTGCCGGCCGGCATCATGCGCCGCGCTGGAATCTGGAGTTCGAATACTGCCAGGCCAAGATCAGTCAGGCGCTGGGACGCACGGAACAAGCGTTGTTGCTCTACAACCGCTATGCGCTGGACGCGGTGCAATGCCTGCGTAGCGAAGTGCAGGCACCGCGCTTGCTGGAAAGCGGTACCCCAGCGCACGTCTCCGACGATATTTCCGCCCGCTTGCCGGCCAAATATCGGCGTGCGTATAGCTACATGATCACCAACGCGCACCGCTCGGATCTGTCGATGGCCACCGGGCTGTCGCCGACCCAGGTGCTGCGCCGTTACCGCATGCAGAGCATCCGCGACGAACTGCTGGCCGAAGGCGGCTGCGGCAGCGTGTTGCAAGCGGCCAGCCGCTGGGGTGTGGGCAGCCGTCGGCATTGGCCAAGGGCTATCGCCAGCACTTCAACGAAGCACCGATGGAAACCTTGCAACGGTAATCTCTTGGCACGCCACGGCTTGGTAGCGCTACCTGCCGTGGCGGTTTGTTGTCGGCGGATGATGCAGCGGGCGTTAAGGTGCGCAACGGGCAGGGGCTGAATTGAGACGTGCGTGC-3′

其中，GAGCTC：SacI酶切位点；AGAGAGAG：核糖体结合位点；CCGGC：转录起始位点；翻译起始位点；GGTACC：KpnI酶切位点；alpha-helix-turn-alpha-helix终止密码子。

4.2来自Xooc的hrp基因调节基因hrpXooc，其核苷酸序列为：5’AGGACAGAGTGAGATTTTTTGATTTTTTCGGTCTCTTTCATTGACAAATTCCATTGAATCCGCTGCCTACAATCGTATGCGCCAGCGAGCTCGGCGATTGTTGTCTTTTGCTCCGCCCCCCAAGAGAGAGACCGGCATCCTTTCGACCTACTTTGCAGCGATCTCTGCGTTGTCTTACGCAGAACGTCTTCCTACCTATACGAGCAGGATGCTGGTTGGTGCTTGGCTGCAGGGACTGCAGCACCTTCAACAGCGACGCGACGGGCAGGGTGCAGCCGATGGAGCCGACGATGAGGTCAGCCTGTTTGGTGCCAGCGGCGATGCGCTGCTGATCCTGGAATATCAAGAAGAGGCCGAAGACGCGTATCGGCAGGCTTTGAAAGCGATGCGCGGGCAGCAGCGCCAATTGCGTTTGCTGTCGTGCCGGAATACCGCCTGGTTGATGCTGAGCCAGCGACGCCTGAGTGCGGCATTGAACTGCTTTGCGCAGCTGGCGATGGATCGCGAAACACCCCCCAGCCTGTGCGGCGAGAGCCTGCTGGGCAAGGCACTGAGCCACTTTCATCTGGGCCAGAGCACGCTGGCCTTGCAGACCCTGGAGCGCGCCAACGAGGTGCTGGCCGTGCTGGAGAGTGGTGCTTCCGATTGGCTGCGTATCGCCACCGCGTTGCGGCTGGACATGATCGCGCAGCTGCGCATCCGCCGCTCCGATCGCATGGTCGACCACGTGTTCTGGCAGGCCACGCTGCGCCAGGAAGATGCCGCGCATGACTTCGAGCCCAGCGATTTACGCGCTTGCATCGCCGATCTGGCCGAAAGCATGCCGGTGCTGGCGCAGCGCATGCGGCATGTGCGCAACCTGCTGCGTATCGCCGGCGGCGATACCTTCGGCTTCGATGCGCAGATCGATGCGTTGCCGGCTGCGGCCACCGGCTGCCCGCCGTGCGCGCGTCAGGACGCACAGGTGGAACTGGCGCTTGCCGCATTGGCGGTGGGGCGTGCCGATCTGGCCGAGCGCGCGCTGGCCGGTGCCGGCCGGCATCACGCGCCGCGCTGGAATCTGGAGTTCGAATACTGCCAGGCCAAGATCAGTCAGGCGCTGGGACGCACGGAACAAGCCTTGTTGCTCTACAACCGCTATGCGCTGGACGCGGTGCAATGCCTGCGTAGCGAAGTGCAGGCACCGCGCTTGCTGGAAAGCGGTACCCCAGCGCACGTCTCCGACGATATTTCCGCCCGCTTGCCGGCCAAATATCGGCGTGCGTATAGCTACATGATCACCAACGCGCACCGCTCGGATCTGTCGATGGCCACCGGGCTGTCGCCGACCCAGGTGCTGCGCCGTTACCGCATGCAGAGCATCCGCGACGAACTGCTGGCCGAAGGCGGCTGCGGCAGCGTGTTGCAAGCGGCCAGCCGCTGGGGTGTGGGCAGCCGTCGGCATTGGCCAAGGGCTATCGCCAGCACTTCAACGAAGCACCGATGGAAACCTTGCAACGGTAATCTCTTGGCACGCCACGGCTTGGTAGCGCTACCTGCCGTGGCGGTTTGTTGTCGGCGGATGATGCAGCGGGCGTTAAGGTGCGCAACGGGCAGGGGCTGAATTGAGACGTGCGTGC-3’

其中，GACAGA......ATGCGCC：启动子区域；GAGCT：SacI酶切位点；AGAGAGAG：核糖体结合位点；CCGGC：转录起始位点；翻译起始位点；alpha-helix-turn-alpha-helix：翻译终止密码子。

4.3来自Xooc的hrp基因调节基因hrpG_Xooc，核苷酸序列为：3′CTGCAGCGGTGAACTTGCTCAGCAGGCGGCTGTGCGATGTGCCGGGCTGAGACTTGGGCTGACAGCCTTGCTCATCGTTGTTGCATCTTTGTCTTGCAGCGCGAGCTCCAACTTGTAGCCATGCGAATACACGGCCCTGATGCGCACTGCGCCGTTGTGATTGCCGAGCTGCAGTTTCTTGCGCAGCTTGTAGATATGCTGCTCCATGGTGCGGTCGGTGAATTCGGTGTGGCTGCCCCAGACCGCCTTGGCCAGCTGGCAACGCCGGAAGCACACGCCGGGGCTGGAAAATAGCAGCCAGGCAATCGAAAACTCGCGTGCGGTCAGCACGATCGGCTTGCCGTGCAGATACACGGTATTTTCGTCGCGGAGCAACTGGTATGGACCAACGCTGAGTTGCTGCGTTTCCGGGCAGGCCGCCACCGGCGATAGCGCCAGGGCCGCGCGTACCTGCAATTCGTGCGAATTGAAGGGGAGCGCAAGCACCTCCTGCGCGCCCGCGCGATACCAGTCCAGGATGTCATTGGCGCAGTCGAAACGCCCGAGCACAATCAGCGGCGTGGGATGACCGCTATGGCAGCGCTGCCAGGCCAGCAGCGAGCTTTCGTCGGAGGCGACGCAACTGGCGTCGAAGACCAGTAACTCGCACGGCGAATGCCGCAACGAACGCAGGAGCTCCAGTTCATCGGAAAACACCGAGACATTGCGCGATAGCGGTGCGAGGCTGGCGTTGACCTGCGAGACCAGGCGGGCGTCCTGCGTCAACAGAAACGCCGATCCGTGTGCAAGGGGGCAAGGGATGTTCATCAGGTGGGCGTCCCGTGGCCGCGCGCAAACCACGCGTGGGCCGGATGCCGACGCCTGGCGTCCGACGCCAGGACAAAACCCATAGGGAGAGATCGATGCATCGTCGGACCAGTTGGTTGTCGGGGGGAGCGTCCGGCAGCGCCGGACAGATGCTATGTACCATTGCAACGAGGAAAAGTTTCACGCTTGCGAACGCTTCTTCGGGTTTGTGGGGGTTGGCTTTAACTCGCGCTCATCTTGGCGTAACGGAGCTCTTACATAGCGGGCATGTGGGCGTCGGCACTGCGCACATCCGCCAAGGTCTAGACCAACCTATTGCGATTCGTGCAATCGCGCGCATCTGGAATACATCGGTCAACAATTCGGGTGCGCGCTAGGTCTGCCGCTCATCATCAAGCCAGTGTCAGCGTGTGTGGTCACAAAATTGCAATGGCTGCGGCCAATAACGGTCAATGGCTGTGGAAGCGGCGCGTTCGCAGACGTTGTCCGAA-5′

其中，AAGG：核糖体结合位点；CGCGCGC：转录起始位点；翻译起始位点；翻译终止密码子；CTCGAG：SacI酶切位点；CTTAAG：EcoRI酶切位点。