[发明专利]蛋白质的分离和分析

权利要求书

1.一种蛋白鉴定、筛选和/或测序方法，包括提供一种个别蛋白文库，所述个别蛋白中的一种或更多种可以与目标靶结合，其中每种个别蛋白在其序列中包括一个“条形码”序列，所述序列可以用来在所述文库中鉴定每种个别蛋白。

2.权利要求1中要求保护的方法，其中所述个别“条形码”序列由插入所述文库中所述个别蛋白的编码基因中的一个或更多个核酸序列编码。

3.权利要求2中要求保护的方法，其中一个或更多个所述“条形码”序列邻接一个或多个内切蛋白酶消化的识别位点。

4.权利要求3中要求保护的方法，其中所述识别位点是内切蛋白酶例如肠激酶或因子Xa的位点。

5.权利要求3或权利要求4中要求保护的方法，其中使所述蛋白文库与一种或更多种靶部分例如靶蛋白接触/相连。

6.权利要求5中要求保护的方法，其中所述蛋白和一种或更多种靶部分在溶液中结合。

7.权利要求5或权利要求6中要求保护的方法，其中在结合后分离所述蛋白/靶部分复合体，然后用内切蛋白酶消化，以释放一种或种个所述“条形码”序列。

8.权利要求7中要求保护的方法，其中一种或多种所述释放的“条形码”序列用来设计一种或更多种合成寡核苷酸例如引物，以回收或扩增一种或更多种与所述靶部分结合的蛋白的编码基因。

9.权利要求8中要求保护的方法，其中用质谱法测定任何释放的“条形码”序列的质量，所述质量进而可以鉴定所释放的一种或更多种序列，或其中用质谱法直接测定任何释放的“条形码”的序列。

10.权利要求1-9的任一项中要求保护的方法，其中所述蛋白文库是抗体文库。

11.权利要求10中要求保护的方法，其中所述蛋白文库是抗体结构域文库，例如包括抗体可变区的重组抗体结构域例如Fv的文库。

12.权利要求11中要求保护的方法，其中所述文库包括由两条链(重链和轻链衍生链，VH和VL)组成的Fv。

13.权利要求12中要求保护的方法，其中所述VH和VL链各自具有其自身的“条形码”序列。

14.权利要求10-13的任一项中要求保护的方法，其中所述“条形码”序列位于所述Fv序列的C末端。

15.在权利要求1-14的任一项中限定的蛋白文库。

16.一种筛选蛋白文库的方法，包括根据一种或更多种所需特性筛选所述文库，然后将其去复制，以鉴定所述文库中具有所述所需特性的一种或更多种个别蛋白。

17.权利要求16中要求保护的方法，其中根据与靶部分的结合筛选所述文库。

18.权利要求17中要求保护的方法，其中通过质谱法、特别是基质辅助激光解附/电离飞行时间(MALDI-ToF)质谱检测结合。

19.权利要求16中要求保护的方法，其中根据特定生物活性筛选所述文库。

20.权利要求17或权利要求18中要求保护的方法，其中所述靶是复杂的混合物，例如多种分子的混合物、全细胞或细胞膜。

21.一种蛋白鉴定和/或测序方法，包括提供一种个别蛋白的文库，所述个别蛋白中的一种或更多种可以与目标靶结合，其中每种个别蛋白与其基因一起结合于一个“结合部分”。

22.权利要求21中要求保护的方法，其中使所述蛋白文库在与所述“结合部分”接触之前或者之后，与所述目标靶接触。

23.权利要求21或22中要求保护的方法，其中在根据与所述靶结合进行筛选后，将所述文库去复制，以鉴定具有所需特性的一种或更多种蛋白，即与所述靶结合的蛋白。

24.权利要求21-23的任一项中要求保护的方法，其中所述“结合部分”是一种粒子。

25.权利要求24中要求保护的方法，其中所述粒子是胶乳珠粒。

26.权利要求21-23的任一项中要求保护的方法，其中所述“结合部分”是一种蛋白或蛋白复合体。