[发明专利]基因多态性检测方法、诊断方法以及用于其的装置及检验试剂盒

说明书

技术领域

本发明涉及一种用于检测以人为代表的动物或植物的基因组DNA的多态性、特别是SNP(单碱基多态性)的方法、装置、试剂，以及使用该结果进行疾病发病率的诊断或进行所给予的药剂的种类与效果以及副作用之间的关系等的诊断的方法及其装置。

该基因多态性检测方法或装置可以用于基因分析的研究或临床领域。

背景技术

作为利用基因多态性来预测疾病的患病容易程度等的方法或装置，提出了如下所述的方法或装置。

为了决定患者是否容易患上败血病及/或败血病是否快速进展，从患者身上采集核酸样品，检测该样品中的型式2(pattern 2)等位基因或与型式2等位基因连锁不平衡的标记基因，如果检测出型式2等位基因或与型式2等位基因连锁不平衡的标记基因，则判断为该患者容易患败血病(参照专利文献1。)。

为了诊断人的flt-1基因中的1或其以上的单核苷酸多态性，通过决定人核酸的1或其以上的位置：1953、3453、3888(分别按照EMBL受理编号X51602中的位置)、519、786、1422、1429(分别按照EMBL受理编号D64016中的位置)、454(按照序列编号3)及696(按照序列编号5)的序列，参照flt-1基因中的多态性，决定此人的体质(特开2001-299366号公报。)。

有与鉴别SNP位点的碱基即分型有关的很多手法的报道。下述手法是其中具有代表性的手法。

为了使用较少量的基因组DNA，对涉及到数十万处的SNP位点进行分型，使用基因组DNA及多对引物同时扩增至少包括一个单碱基多态性位点的多个碱基序列，使用扩增后的多个碱基序列，利用分型工序辨别该碱基序列中含有的单碱基多态性位点的碱基。作为该分型工序，使用侵入(invade)法或Taqman PCR法(参照专利文献3。)。

但是，在SNP的分型中，在进入扩增工序的阶段必须配制基因组DNA，其中需要花费时间、人力和成本。

另一方面，如果只着眼于扩增DNA的PCR法，还提出了不用进行前处理而从血液等样品直接进行PCR反应的方法。于是，在扩增含有基因的样品中的目的基因的核酸合成法中，向基因扩增反应液中添加含有基因的样品中的基因包含体或含有基因的样品本身，在添加后的该反应液的pH为8.5～9.5(25℃)下，扩增含有基因的样品中的目的基因(参照专利文献4。)。

专利文献1：特表2002-533096号公报

专利文献2：特开2001-299366号公报

专利文献3：特开2002-300894号公报

专利文献4：专利第3452717号公报

专利文献5：专利第3494509号公报

非专利文献1：Hsu T.M.，Law S.M.Duan S，Neri B.P.，Kwok P.Y.，“利用双色荧光偏振技术的侵入检测，对单核苷酸多态性进行的基因分型(Genotyping single-nucleotide polymorphisms by the invader assay withdual-color fluorescence polarization detection)”，Clin.Chem.，2001Aug；47(8)：1373-7

发明内容

就已经构建的分型系统而言，为了用PCR法扩增需要进行分型的多个SNP区域，虽然最初采集的DNA量很少即可，但在用PCR法扩增之前，必需进行预先从生物体样品中提取DNA的前处理。为此该前处理需要花费时间和人力。

另一方面，已经确立了在不从血液等生物体样品中提取核酸的状态下，直接利用PCR法进行扩增的方法，但在将该直接PCR法与分型方法结合起来时，对需要进行分型的多个SNP位点同时进行扩增的自动化系统尚未构建起来。

于是，本发明的目的在于，可以从样品的配制阶段开始自动地进行用于多个目的SNP位点的分型。

本发明的基因多态性检测方法包括：使未实施核酸提取操作的生物体样品，直接作用于含有将各多个多态性位点分别夹在中间并结合的多个引物的基因扩增反应液，使基因组DNA扩增的扩增工序；和使对应所述多个多态性位点配制而成的分型试剂作用于在所述扩增工序中扩增的基因组DNA，辨别所述多个多态性位点的碱基的分型工序。