[发明专利]减少核酸杂交中Cot-1 DNA畸变的发生

说明书

相关申请的交叉参考

本申请要求之前于2005年11月18日提交的待批临时申请系列号60/737,986的权益，其内容纳入本文作参考。

序列表

本申请还附纸件形式的序列表，也纳入本文作为参考，同时以计算机可读的ASCII文件形式在U.S.P.T.O电子提交系统中递交相同内容。

发明背景

1.发明领域

本发明涉及抑制靶基因组或转录基因组中存在的重复元件与核酸探针中对应的重复元件之间非特异性交叉杂交，同时避免探针中单拷贝序列与抑制性DNA中外来单拷贝序列之间偶然杂交的材料和方法。更具体说，本发明涉及开发和应用基本上缺乏重复序列的探针，和开发和应用合成的基本上没有单拷贝元件的抑制性重复DNA。甚至更具体说，这类重复DNA包含的重复序列对应于毗邻一外或多个代表性基因组区域中的单拷贝元件的中至高拷贝重复元件。

2.现有技术描述

微阵列和阵列为基础的比较基因组杂交研究已促进了对基因表达和基因座拷贝数的广泛基因组研究。不同实验室交互验证研究提出了关于这些技术重复性的持续讨论^1-5。减少复制研究所得结果差异的策略集中于关注如何使技术因素，如阵列产品、RNA合成、标记、杂交、扫描、和数据分析的标准化^6-8。Zakharkin等⁹提出样品之间的生物学差异是这种差异的最大来源，其它因素的作用程度较弱。

当用杂交探针分析DNA时，必须先封闭靶DNA中的重复序列，然后才使探针与靶DNA杂交，以心避免探针中的重复元件与靶DNA中的同源重复元件之间杂交产生高背景噪音。

单倍体基因组中常有多个拷贝的重复序列。拷贝数范围从二个到数十万个，其中DNA的Alu家族是后者数目变化的典型例子。多个拷贝的重复序列可聚集成簇或间插在整个基因组中。重复序列可在基因组中一处或多处聚集成簇，例如重复序列可位于各染色体的着丝点处和有各种数目的串联重复序列(VNTR)Nakamura等，Science，235；1616(1987)；或重复序列可分布在一个染色体上，如Bardoni等，Cytogenet.Cell Genet，46：575(1987)报导只在X染色体裁上发现有重复序列；或重复序列可分布在所有的染色体上，如重复序列的Alu家族。

基因中可发现复杂性低的简单重复序列，但在基因组的非编码序列中更常见。这种重复元件由一个、二个、三个、四个、或五个核苷酸核心序列元件组成，排列成串联单元。不同个体基因组中相同位置处包含这些重复序列的串联单元数目常不同。搜寻基因组序列中的核心序列元件的保守性连缀可发现这些重复元件。

竞争杂交，也称为抑制杂交提供了封闭可能的压倒性DNA信号的方法。未标记的竞争DNA或抑制DNA含有能结合靶DNA中同源重复元件的高数量重复元件，因此能阻止标记探针的重复部分与靶核酸中这种重复元件结合，从而提高探针主要与非重复性靶序列杂交的几率。

大多数微阵列杂交研究共同需要利用富含重复序列(C_ot-1)的DNA来抑制或封闭探针中的重复朝花夕拾与基因组(或转录基因组)中其它部位之间的非特异性交叉杂交。现有技术通常在FISH之前山性DNA劝C_ot-1与靶DNA的杂交以避免发生背景杂交，即非特异性杂交。在人类中，这种C_ot-1组分高度集中于含有间插重复元件，如短和长间插重复元件SINE和LINE^10，11的家族中。商品化产生C_ot-1 DNA制品的方法反复说明基因组DNA的变性和重连接，这可通过Alu元件(三重折叠大大超过正常基因组的相应水平)和L1元件(四重折叠大大超过正常基因组的相应水平)的丰富程度来监测。目前的质控方法不能测定C_ot-1 DNA的精确组成或序列。