[发明专利]微阵列方法无效
申请号: | 200680052374.1 | 申请日: | 2006-12-29 |
公开(公告)号: | CN101336301A | 公开(公告)日: | 2008-12-31 |
发明(设计)人: | M·J·西蒙斯 | 申请(专利权)人: | 西蒙斯单倍体有限公司 |
主分类号: | C12Q1/68 | 分类号: | C12Q1/68;G01N33/53;G06F17/00 |
代理公司: | 上海专利商标事务所有限公司 | 代理人: | 韦东 |
地址: | 中国香港湾仔轩尼诗路48*** | 国省代码: | 中国香港;81 |
权利要求书: | 查看更多 | 说明书: | 查看更多 |
摘要: | |||
搜索关键词: | 阵列 方法 | ||
发明领域
本发明涉及检检测样中特定核酸序列的方法,所述试样含有大量此类序 列,如衍生自原核或真核细胞的mRNA或基因的完全遗传互补物的那些序列。 具体地说,本发明涉及筛选用于微阵列应用的探针的方法。
发明背景
微阵列技术已经彻底改革了遗传学领域,它提供了用大量独特探针筛选含 有核酸分子的待测混合物的方法。微阵列分析在本领域中被认为是一项经典的 ‘精确进入-精确离开(precision in-precision out)’技术。基于合理的实验设计、 优化的程序、正确设计的阵列元件、完美设计的探针组、纯净样品、强大的制 造业和表面化学、高质量筛选、以及正确采用的样品示踪、量化和数据发掘工 具的实验能够产生有价值的结果。
业已对微阵列所用的探针设计作了大量研究。尽管该技术正在改进中并变 得更加强大,但为样品中要检测的各靶核苷酸序列筛选独特的能提供信息的探 针仍存在困难。一个原因是,无论如何小心地选择探针组,至少一部分探针由 于熟知的交叉杂交现象仍会结合一种以上的靶序列。诸如形成二级结构和探针 的解链温度等其他因素也会造成杂交误差,从而降低了实验的精确度。
现有技术提供了许多筛选信息探针(informative probe)的理论模型(常以基 于软件的算法实施),这些探针在微阵列环境中引起错误杂交的可能性较低。 艾飞麦趣公司(Affymetrix Inc)研究出的第一种探针设计程序可产生用于微阵列 平台的20-25个碱基的短探针(Chee等,Science,1996/10/25;274(5287):610-4)。 该研究指定了许多筛选强大和提供信息的探针的标准,分别为:
1.均一性,以确保探针在实验温度下能结合靶分子,
2.灵敏度,以确保探针不形成二级结构(这种结构将阻止探针结合靶 cDNA),和
3.特异性,以确保探针甚至在一些碱基改变之后仍保持其独特性。
本领域认为,基于这些原则的算法能极大降低实验室检测各靶分子对探针 反应时所消耗的时间和精力。然而,也认为这种方法有缺陷,其中一个主要问 题是由于所有探针都位于单个微阵列芯片上,对于任何给定的探针组只能采用 一组杂交条件。由于不能为各个探针单独优化杂交条件(如离子强度和温度), 这种缺陷增加了交叉杂交和杂交误差的可能性。显然,微阵列平台的探针筛选 领域需要作进一步改进。
本发明一方面提供了鉴定用于微阵列的探针的方法,该方法克服或减轻了 现有技术的问题。
本说明书中关于文献、方法、材料、装置、论文等的讨论仅出于为本发明 提供内容的目的。这并不说明或表示这些事物中的任何一种或其所有由于在本 申请各项权利要求的优先权日之前就存在便形成了现有技术基础的一部分或 是本发明所述领域的公知常识。
发明概述
在本发明的一个方面中,提供了一种能鉴定一组相关核苷酸序列中某成员 的微阵列探针组的鉴定方法,该方法包括以下步骤:提供候选探针组,其包含 至少一种能与该相关核苷酸序列组中的两个或多个成员差异杂交的探针;检测 该探针组与相关核苷酸序列组中两个或多个成员的反应性;以及观察该探针组 与相关核苷酸序列组中两个或多个成员反应性模式的差异程度。与现有技术的 方法不同,本发明的方法不需要根据对靶序列的详细了解来仔细考虑和系统设 计探针组。相反,本发明方法依据下述论点,即观察到的经验性探针反应性模 式可提供足够辨别力以测定样品中是否存在预定的核苷酸序列。优选这种反应 性模式的差异程度足够充分,从而该相关核苷酸序列组的几乎所有成员都能显 示出其独特的反应性模式,所述候选探针组是信息探针组。
在本发明的一种形式中,有关该相关核苷酸序列组各成员或者获得或衍生 出所述成员的生物的遗传特征(如突变的存在)或遗传连锁特征(如表型)是已知 的,从而这种独特反应性模式为存在或不存在这种遗传特征或遗传连锁特征提 供了信息。
在本发明的优选形式中,通过包括下述步骤的方法产生此候选探针组:将 该相关核苷酸序列组中各成员的核苷酸序列分成多个亚序列,其中至少有2个 亚序列重叠且其中所述候选探针组是针对该亚序列的。
在本发明的另一方面,提供了通过本文所述方法产生的信息探针组或部分 信息探针组。通常,所述探针将是长度约25个核苷酸的寡核苷酸。该探针可 与固体基质结合以便用于微阵列模式。
该专利技术资料仅供研究查看技术是否侵权等信息,商用须获得专利权人授权。该专利全部权利属于西蒙斯单倍体有限公司,未经西蒙斯单倍体有限公司许可,擅自商用是侵权行为。如果您想购买此专利、获得商业授权和技术合作,请联系【客服】
本文链接:http://www.vipzhuanli.com/pat/books/200680052374.1/2.html,转载请声明来源钻瓜专利网。
- 上一篇:紧固工具
- 下一篇:冷却出料机进料端防漏料装置