[发明专利]多色荧光复合扩增11个肺癌易感性相关SNP位点试剂盒无效
申请号: | 200710112772.4 | 申请日: | 2007-06-17 |
公开(公告)号: | CN101158633A | 公开(公告)日: | 2008-04-09 |
发明(设计)人: | 王瑞恒 | 申请(专利权)人: | 辽宁师范大学 |
主分类号: | G01N21/00 | 分类号: | G01N21/00;C12Q1/68 |
代理公司: | 暂无信息 | 代理人: | 暂无信息 |
地址: | 116029辽宁*** | 国省代码: | 辽宁;21 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 多色 荧光 复合 扩增 11 肺癌 感性 相关 snp 试剂盒 | ||
1.一种11个肺癌易感性相关SNP位点多色荧光复合扩增试剂盒,该试剂盒包括a)引物混合物,b)DNA聚合酶,c)缓冲液(含MgCl2),d)质控DNA,e)等位基因分型标准物混合物,其特征是:引物混合物由11条荧光标记共享引物和22条针对不同等位基因的长度特异性引物组成;分别针对11个肺癌易感性相关SNP基因位点,分别为RASSF1(Ala133Ser),MBD4(Glu346Lys),XPD(Lys751Gln),XRCC1(194Trp/Arg),ADPRT(Val762Ala),CYP1B1(Val432Leu),REV1(Phe257Ser),XPC(Lys939Gln),GSTM4(T2517C),AXIN2(Pro50Ser),PLOI(Thr706Ala)。
2.一种长度特异性PCR引物设计方法,其特征是:在每一个SNP基因位点侧面设计一条共享引物,并在引物5’末端选用一种荧光物质标记;针对SNP基因位点的不同等位基因,又设计了针对SNP基因座不同等位基因的两条引物,两条引物长度不同,作为特异引物。
3.根据权利要求1所述的11个肺癌易感性SNP基因位点引物序列为:RASSF1-pub-5’-F1-GAAGCCCTGGGTTCCTCAA-3’(RASSF1位点共享引物,F1荧光素标记)
RASSF1-spe1-5’-GATCTTCTGCTCAATCTCGGC-3’(RASSF1位点特异性引物1,针对C等位基因)
RASSF1-spe2-5’-TATAGATCTTCTGCTCAATCTCGGA-3’(RASSF1位点特异性引物2,针对A等位基因)
MBD4-pub-5’-F1-TTTCCTGGTTGGTGAGCAGTT-3’(MBD4位点共享引物,F1荧光素标记)
MBD4-spe1-5’-GCCAAAGACTCAGAACACACCA-3’(MBD4位点特异性引物1,针对A等位基因)
MBD4-spe2-5’-TATATCCAAAGACTCAGAACACATCG-3’(MBD4位点特异性引物2,针对G等位基因)
XPD-pub-5’-F1-CGGACATCTCCAAATTCATTCA-3’(XPD位点共享引物,F1荧光素标记)
XPD-spe1-5’-CTGAGCAATCTGCTCTATCCTGTT-3’(XPD位点特异性引物1,针对T等位基因)
XPD-spe2-5’-TATACTGAGCAATCTGCTCTATCCTATG-3’(XPD位点特异性引物2,针对G等位基因)
XRCC1-pub-5’-F1-TCCAGACAAAGATGAGGCAGAG-3’(XRCC1位点共享引物,F1荧光素标记)
XRCC1-spe1-5’-CTGGGGATGTCTTGTTGAACC-3’(XRCC1位点特异性引物1,针对G等位基因)
XRCC1-spe2-5’-TATATTGGGGATGTCTTGTTGAGCT-3’(XRCC1位点特异性引物2,针对A等位基因)
ADPRT-pub-5’-F2-CAGCAGGAGGGTTTGCCA-3’(ADPRT位点共享引物,F2荧光素标记)
ADPRT-spe1-5’-AGCAGGTTGTCAAGCATTTACG-3’(ADPRT位点特异性引物1,针对C等位基因)
ADPRT-spe2-5’-TATAAGCAGGTTGTCAAGCATTTACA-3’(ADPRT位点特异性引物2,针对T等位基因)
CYP1B1-pub-5’-F2-GAGGGACCGTCTGCCTTGTA-3’(CYP1B1位点共享引物,F2荧光素标记)
CYP1B1-sep1-5’-CCGGGTTAGGCCACTTGAG-3’(CYP1B1位点特异性引物1,针对C等位基因)
CYP1B1-sep2-5’-TATACCGGGTTAGGCCACTTTAC-3’(CYP1B1位点特异性引物2,针对G等位基因)
REV1-pub-5’-F2-AGTCAATGGCATGAACAGTTGG-3’(REV1位点共享引物,F2荧光素标记)
REV1-spe1-5’-CCTTATCCTCCTCCTGGGAAA-3’(REV1位点特异性引物1,针对T等位基因)
REV1-spe2-5’-TATACCTTATCCTCCTCCTGGGTAG-3′(REV1位点特异性引物2,针对C等位基因)
XPC-pub-5’-F2-TGATTACTAACCCTCGCCTGTG-3’(XPC位点共享引物,F2荧光素标记)
XPC-spe1-5’-GGCGCTCAGCTCACAGGTT-3’(XPC位点特异性引物1,针对A等位基因)
XPC-spe2-5’-TATAAGCGCTCAGCTCACAGTTG-3’(XPC位点特异性引物2,针对C等位基因)
GSTM4-pub-5’-F3-GGAAAGGCGTCCAAGCAGT-3’(GSTM4位点共享引物,F3荧光素标记)
GSTM4-sep1-5’-GGCCATGGTTTGTTGGACAC-3’(GSTM4位点特异性引物1,针对C等位基因)
GSTM4-sep2-5’-TATAGGCCATGGTTTGTTGGATAT-3’(GSTM4位点特异性引物2,针对T等位基因)
AXIN2-pub-5’-F4-CAGCAGCAGCTTCCGTGAG-3’(AXIN2位点共享引物,F4荧光素标记)
AXIN2-spe1-5’-CCTGGTGTTGGAAGAGACTGG-3’(AXIN2位点特异性引物1,针对C等位基因)
AXIN2-spe2-5’TATACCTGGTGTTGGAAGAGACCGA-3’(AXIN2位点特异性引物2,针对T等位基因)
PLOI-pub-5’-F4-CAGATAGCCATAAGCAAACAGTAGC-3’(PLOI位点共享引物,F4荧光素标记)
PLOI-spe1-5’-ATGTGGAAATCTGATCCGGC-3’(PLOI位点特异性引物1,针对G等位基因)
PLOI-spe2-5’-TATAATGTGGAAATCTGATCCGGT-3’(PLOI位点特异性引物2,针对A等位基因)
四种荧光素的名称分别为:
F1:蓝色荧光标记物FAM;F2:黄色荧光标记物TAMRA;F3:绿色荧光标记物JOE;F4:红色荧光标记物ROX;四种荧光标记物可以互换。
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